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huangdelian

银虫 (正式写手)

[求助] 想用高通量测序方法进行仔稚鱼摄食的调查

本人在野外采集到了几个物种的仔稚鱼(很小,刚从鱼卵孵化没多久的幼鱼),想要对它摄食的食物进行调查。
看文献还不多,发现最近几年的摄食研究论文中采用有PNA(肽核酸)、qPCR、设计引物PCR+挑选阳性克隆测序方法、高通量测序方法。现在比较好的方法是高通量测序方法,但是这方面的文章还比较少,而且是做其他物种、成鱼的。
仔稚鱼本身个体非常小,提取它肠道内含物就更难,难以避免会有鱼本身的基因混在肠道内含物里面;而且鱼本身是哪个物种需要用分子鉴定手段才好确定,因此只是提取肠道内含物DNA操作不容易实现。因此,提取鱼体组织及肠道内含物基因在内的宏基因,然后再设计引物可能是其中一个可行的方法,但是应该怎么去设计引物呢?另外,想问下,如果用高通量测序的方法,是不是引物和前面刚提到的一样呢?用宏基因组的PCR产物怎样可以进行高通量测序呢?还请各位专家指点。
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huangdelian

银虫 (正式写手)

引用回帖:
3楼: Originally posted by jinlin at 2015-10-21 08:53:06
太高深了吧!

没什么高深的了,最近几年相关的文献也不算少
5楼2015-10-31 12:03:54
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Breeze_liang

新虫 (正式写手)

您们自己有这个测序平台不?
要是需要在其他单位测,还是和那个单位的沟通,这样直接高效。
2楼2015-10-21 08:45:57
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jinlin

至尊木虫 (著名写手)

3楼2015-10-21 08:53:06
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huangdelian

银虫 (正式写手)

引用回帖:
2楼: Originally posted by Breeze_liang at 2015-10-21 08:45:57
您们自己有这个测序平台不?
要是需要在其他单位测,还是和那个单位的沟通,这样直接高效。

自己单位没有这个平台,后来联系了一些生物公司,其实那边基本上只是说会帮你上机测和后边的数据大概分析,但是对于设计引物和确定目的片段基本上无能为力
4楼2015-10-31 12:03:24
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