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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » MS » 关于蛋白同源建模的一些问题
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策马入林

新虫 (小有名气)

[交流] 关于蛋白同源建模的一些问题

1.同源建模搜寻模板时候，有序列一致性很高的结晶蛋白，但是有的是含有配体有的是不含配体分子（我的这个蛋白是需要NADPH参与反应，有的晶体结构也是有apo和含有NADPH两种情况，但是都没有底物分子），那么我在同源建模的时候应该选用哪种作为模板是apo还是蛋白-NADPH 作为模板
2.分子建模的时候我是使用SWISSMODEL还是使用本地的MODELLER建模更好
3.建模的时候我是使用单一高序列一致性的单一模板还是考虑同时使用多个同源模板建模
小弟目前遇到以上一些问题，还望诸位高人不吝赐教
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1楼 2015-10-18 22:09:59
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策马入林

新虫 (小有名气)
引用回帖:
8楼: Originally posted by 厚德求是 at 2015-10-19 00:36:35
推荐做实验不要依赖这种分子模拟，还是要以确切的实验为导向，不然成果要出来非常慢。

这个是有一些实验数据的，但是要是做结晶的话我们有个师姐做了三年还没得到晶体。。。
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9楼2015-10-19 09:31:16
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白鸿明

木虫 (正式写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
modeller好用一些吧

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7楼2015-10-18 23:07:26
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厚德求是

金虫 (著名写手)
推荐做实验不要依赖这种分子模拟，还是要以确切的实验为导向，不然成果要出来非常慢。

发自小木虫IOS客户端
赞一下 回复此楼
8楼2015-10-19 00:36:35
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chengnuo252710楼
2015-10-21 14:12   回复  
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