24小时热门版块排行榜    

查看: 1225  |  回复: 8

远丽123

金虫 (小有名气)

[求助] 求大神帮忙,如何确定一个基因是新基因? 已有2人参与

以前实验室有人做的转录组,预测了几个可能的新基因,想知道,怎么判定这个基因是新基因呢,如果是新基因,我该从哪些方面研究呢,老板给的课题就是新基因,我一筹莫展啊,请各位大神帮忙,感激不尽。。。
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐,对您同样有帮助:

已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

远丽123

金虫 (小有名气)

自己顶一下。
2楼2015-10-11 10:38:59
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

growlywolf

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
远丽123: 金币+3, ★★★很有帮助, 金币有点少,多谢赐教。。 2015-10-12 15:49:49
myprayer: 金币+1, 赠人玫瑰,手有余香,分子生物期待您更多精彩。 2015-10-15 18:18:26
你怎么定义“新基因”?是别人没鉴定过功能的基因,还是演化过程中在你研究的这个物种基因型中新出现的基因?
第一步一般就是blast,看看有没有同源基因。一般e值小于1e-10,可以认为显著不同源。

发自小木虫Android客户端
3楼2015-10-11 10:53:28
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

liuxinyueer

木虫 (正式写手)

现在NCBi上Blast
欢迎讨论,小木虫未能及时回复,请邮箱: lmzhang1994@gmail.com
4楼2015-10-11 11:06:41
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

远丽123

金虫 (小有名气)

引用回帖:
3楼: Originally posted by growlywolf at 2015-10-11 10:53:28
你怎么定义“新基因”?是别人没鉴定过功能的基因,还是演化过程中在你研究的这个物种基因型中新出现的基因?
第一步一般就是blast,看看有没有同源基因。一般e值小于1e-10,可以认为显著不同源。
...

怎么看同源性呢 能否说下详细步骤,多谢啦,blast不太会用。
5楼2015-10-12 15:34:59
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

远丽123

金虫 (小有名气)

引用回帖:
3楼: Originally posted by growlywolf at 2015-10-11 10:53:28
你怎么定义“新基因”?是别人没鉴定过功能的基因,还是演化过程中在你研究的这个物种基因型中新出现的基因?
第一步一般就是blast,看看有没有同源基因。一般e值小于1e-10,可以认为显著不同源。
...

我比对的结果都是全基因组测序的,e值有的为零,其余全部少于1e-10,这说明没有同源性吗,我就是想知道这是不是没有鉴定过功能的基因,还有怎么确定他就是新基因,下面我应该怎么办呢。
6楼2015-10-12 15:48:54
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

feiyue0908

银虫 (小有名气)

【答案】应助回帖


myprayer: 金币+1, 赠人玫瑰,手有余香,分子生物期待您更多精彩。 2015-10-15 18:18:34
联系我们公司吧  做基因数据的分析
7楼2015-10-14 13:51:53
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

growlywolf

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

引用回帖:
6楼: Originally posted by 远丽123 at 2015-10-12 15:48:54
我比对的结果都是全基因组测序的,e值有的为零,其余全部少于1e-10,这说明没有同源性吗,我就是想知道这是不是没有鉴定过功能的基因,还有怎么确定他就是新基因,下面我应该怎么办呢。...

blast的e值越低,表示同源性越高。

你用全基因组测序的结果比对,当然可以找到同源序列。但你要在ncbi里面比nr数据库,看看别人是不是已经对这段序列进行了功能注释,还要看同源序列记录的reference是不是功能研究的论文。如果有,表明别人已经研究过了,你这个就不是新基因。如果没有,你做微生物的,用序列分析总能分析出一些同源结构域出来,预测一下功能,然后克隆出来,再表达个蛋白鉴定一下嘛。
8楼2015-10-15 10:37:48
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

远丽123

金虫 (小有名气)

9楼2015-10-16 16:25:54
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 远丽123 的主题更新
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[基金申请] 看板上这么多中的,有点像50人群里49个人都是骗子的那种感觉…… +3 a089 2026-08-26 4/200 2026-08-27 08:25 by ZJTJZ
[基金申请] 投票:  有多少人是今天查系统知道结果的? +15 爱看书的可乐 2026-08-26 17/850 2026-08-27 08:24 by xxniao123
[教师之家] 售SCI一区文章,我:8.O.551.O.5.4,科目全,可伽急 +3 LIbGuocjEEYw 2026-08-26 4/200 2026-08-27 04:33 by Ie9AyIAvGbvs
[基金申请] 我不理解! +15 Edward_pc 2026-08-26 23/1150 2026-08-26 20:34 by zzuzxg
[基金申请] 2026年的国家社科基金项目通讯评审的新规则与新动向、新挑战 +7 process2012 2026-08-23 10/500 2026-08-26 19:23 by hmhminy
[基金申请] 系统查不到 +10 董八千 2026-08-26 10/500 2026-08-26 16:30 by Equinoxhua
[基金申请] 为什么国自然不能直接公布 +4 bjdxyxy 2026-08-26 4/200 2026-08-26 13:12 by qingmu1201
[基金申请] 科研孤儿太难了 +21 我4大白菜 2026-08-20 22/1100 2026-08-26 11:29 by nlgza
[基金申请] 国合可查了 +3 paperzjh 2026-08-26 3/150 2026-08-26 10:41 by LemmonTr
[基金申请] 牛来!米来!面来! +8 beefly 2026-08-26 8/400 2026-08-26 08:37 by xuzhipiao
[基金申请] 在坚冰还盖着北海的时候,我看到了怒放的梅花。 (金币+10) +6 ziyangfang 2026-08-25 9/450 2026-08-25 20:26 by huagongfeihu
[基金申请] 某些机构,以效率低为荣,以效率低作为存在感 +9 yuleib84 2026-08-25 10/500 2026-08-25 17:14 by alexon
[基金申请] 今日不放榜?网传国自然预计 8 月 27 日可查结果 +17 医学老男孩 2026-08-20 22/1100 2026-08-25 15:36 by 医学老男孩
[基金申请] 如果此刻你正在为国基感到焦虑,不妨来听听这首《基金之外》 +8 scalable 2026-08-24 8/400 2026-08-25 12:52 by jnhyjjm
[基金申请] 没有任何消息-是不是就凉了 +9 图啦图啦 2026-08-24 10/500 2026-08-25 11:59 by 南海小哥
[基金申请] 人气不行了 +11 fansofjerry 2026-08-21 11/550 2026-08-25 11:04 by 孤独的英雄6
[教师之家] 导师吐槽:我怎么摊上了这么个极品研究生! +3 苏东坡二世 2026-08-23 3/150 2026-08-25 10:35 by shisan1313
[基金申请] 我面上完蛋了 +13 且听虎啸 2026-08-20 14/700 2026-08-25 09:10 by mrkang
[教师之家] 跳槽后在研项目怎么办? +5 简单化xn 2026-08-22 10/500 2026-08-23 12:38 by 简单化xn
[基金申请] 时间戳又变了 +13 wuchongjun 2026-08-20 19/950 2026-08-21 17:21 by 紫杉醇
信息提示
请填处理意见