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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » 求大神帮忙，如何确定一个基因是新基因？
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远丽123

金虫 (小有名气)

[求助] 求大神帮忙，如何确定一个基因是新基因？ 已有2人参与

以前实验室有人做的转录组，预测了几个可能的新基因，想知道，怎么判定这个基因是新基因呢，如果是新基因，我该从哪些方面研究呢，老板给的课题就是新基因，我一筹莫展啊，请各位大神帮忙，感激不尽。。。
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1楼 2015-10-11 10:38:26
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远丽123

金虫 (小有名气)
自己顶一下。
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2楼2015-10-11 10:38:59
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growlywolf

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
远丽123: 金币+3, ★★★很有帮助, 金币有点少，多谢赐教。。 2015-10-12 15:49:49
myprayer: 金币+1, 赠人玫瑰，手有余香，分子生物期待您更多精彩。 2015-10-15 18:18:26
你怎么定义“新基因”？是别人没鉴定过功能的基因，还是演化过程中在你研究的这个物种基因型中新出现的基因？
第一步一般就是blast，看看有没有同源基因。一般e值小于1e-10，可以认为显著不同源。

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3楼2015-10-11 10:53:28
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liuxinyueer

木虫 (正式写手)
现在NCBi上Blast
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欢迎讨论，小木虫未能及时回复，请邮箱: lmzhang1994@gmail.com
4楼2015-10-11 11:06:41
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远丽123

金虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by growlywolf at 2015-10-11 10:53:28
你怎么定义“新基因”？是别人没鉴定过功能的基因，还是演化过程中在你研究的这个物种基因型中新出现的基因？
第一步一般就是blast，看看有没有同源基因。一般e值小于1e-10，可以认为显著不同源。
...

怎么看同源性呢 能否说下详细步骤，多谢啦，blast不太会用。
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5楼2015-10-12 15:34:59
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远丽123

金虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by growlywolf at 2015-10-11 10:53:28
你怎么定义“新基因”？是别人没鉴定过功能的基因，还是演化过程中在你研究的这个物种基因型中新出现的基因？
第一步一般就是blast，看看有没有同源基因。一般e值小于1e-10，可以认为显著不同源。
...

我比对的结果都是全基因组测序的，e值有的为零，其余全部少于1e-10，这说明没有同源性吗，我就是想知道这是不是没有鉴定过功能的基因，还有怎么确定他就是新基因，下面我应该怎么办呢。
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6楼2015-10-12 15:48:54
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feiyue0908

银虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★
myprayer: 金币+1, 赠人玫瑰，手有余香，分子生物期待您更多精彩。 2015-10-15 18:18:34
联系我们公司吧  做基因数据的分析
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7楼2015-10-14 13:51:53
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growlywolf

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

引用回帖:
6楼: Originally posted by 远丽123 at 2015-10-12 15:48:54
我比对的结果都是全基因组测序的，e值有的为零，其余全部少于1e-10，这说明没有同源性吗，我就是想知道这是不是没有鉴定过功能的基因，还有怎么确定他就是新基因，下面我应该怎么办呢。...

blast的e值越低，表示同源性越高。

你用全基因组测序的结果比对，当然可以找到同源序列。但你要在ncbi里面比nr数据库，看看别人是不是已经对这段序列进行了功能注释，还要看同源序列记录的reference是不是功能研究的论文。如果有，表明别人已经研究过了，你这个就不是新基因。如果没有，你做微生物的，用序列分析总能分析出一些同源结构域出来，预测一下功能，然后克隆出来，再表达个蛋白鉴定一下嘛。
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8楼2015-10-15 10:37:48
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远丽123

金虫 (小有名气)
多谢指点…

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9楼2015-10-16 16:25:54
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