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远丽123

金虫 (小有名气)

[求助] 求大神帮忙,如何确定一个基因是新基因? 已有2人参与

以前实验室有人做的转录组,预测了几个可能的新基因,想知道,怎么判定这个基因是新基因呢,如果是新基因,我该从哪些方面研究呢,老板给的课题就是新基因,我一筹莫展啊,请各位大神帮忙,感激不尽。。。
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远丽123

金虫 (小有名气)

自己顶一下。
2楼2015-10-11 10:38:59
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growlywolf

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
远丽123: 金币+3, ★★★很有帮助, 金币有点少,多谢赐教。。 2015-10-12 15:49:49
myprayer: 金币+1, 赠人玫瑰,手有余香,分子生物期待您更多精彩。 2015-10-15 18:18:26
你怎么定义“新基因”?是别人没鉴定过功能的基因,还是演化过程中在你研究的这个物种基因型中新出现的基因?
第一步一般就是blast,看看有没有同源基因。一般e值小于1e-10,可以认为显著不同源。

发自小木虫Android客户端
3楼2015-10-11 10:53:28
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liuxinyueer

木虫 (正式写手)

现在NCBi上Blast
欢迎讨论,小木虫未能及时回复,请邮箱: lmzhang1994@gmail.com
4楼2015-10-11 11:06:41
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远丽123

金虫 (小有名气)

引用回帖:
3楼: Originally posted by growlywolf at 2015-10-11 10:53:28
你怎么定义“新基因”?是别人没鉴定过功能的基因,还是演化过程中在你研究的这个物种基因型中新出现的基因?
第一步一般就是blast,看看有没有同源基因。一般e值小于1e-10,可以认为显著不同源。
...

怎么看同源性呢 能否说下详细步骤,多谢啦,blast不太会用。
5楼2015-10-12 15:34:59
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远丽123

金虫 (小有名气)

引用回帖:
3楼: Originally posted by growlywolf at 2015-10-11 10:53:28
你怎么定义“新基因”?是别人没鉴定过功能的基因,还是演化过程中在你研究的这个物种基因型中新出现的基因?
第一步一般就是blast,看看有没有同源基因。一般e值小于1e-10,可以认为显著不同源。
...

我比对的结果都是全基因组测序的,e值有的为零,其余全部少于1e-10,这说明没有同源性吗,我就是想知道这是不是没有鉴定过功能的基因,还有怎么确定他就是新基因,下面我应该怎么办呢。
6楼2015-10-12 15:48:54
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feiyue0908

银虫 (小有名气)

【答案】应助回帖


myprayer: 金币+1, 赠人玫瑰,手有余香,分子生物期待您更多精彩。 2015-10-15 18:18:34
联系我们公司吧  做基因数据的分析
7楼2015-10-14 13:51:53
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growlywolf

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

引用回帖:
6楼: Originally posted by 远丽123 at 2015-10-12 15:48:54
我比对的结果都是全基因组测序的,e值有的为零,其余全部少于1e-10,这说明没有同源性吗,我就是想知道这是不是没有鉴定过功能的基因,还有怎么确定他就是新基因,下面我应该怎么办呢。...

blast的e值越低,表示同源性越高。

你用全基因组测序的结果比对,当然可以找到同源序列。但你要在ncbi里面比nr数据库,看看别人是不是已经对这段序列进行了功能注释,还要看同源序列记录的reference是不是功能研究的论文。如果有,表明别人已经研究过了,你这个就不是新基因。如果没有,你做微生物的,用序列分析总能分析出一些同源结构域出来,预测一下功能,然后克隆出来,再表达个蛋白鉴定一下嘛。
8楼2015-10-15 10:37:48
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远丽123

金虫 (小有名气)

9楼2015-10-16 16:25:54
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