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zhaimen

新虫 (初入文坛)

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[求助] 执行水中的溶菌酶教程时生成不了tpr文件已有1人参与

D:\gromacs\my test> grompp -f ions.mdp -c 1AKI_solv.gro -p topol.top -o ions.tpr

                     :-)  G  R  O  M  A  C  S  (-:

            Giving Russians Opium May Alter Current Situation

                        :-)  VERSION 4.5.4  (-:

      Written by Emile Apol, Rossen Apostolov, Herman J.C. Berendsen,
   Aldert van Buuren, P?r Bjelkmar, Rudi van Drunen, Anton Feenstra,
      Gerrit Groenhof, Peter Kasson, Per Larsson, Pieter Meulenhoff,
         Teemu Murtola, Szilard Pall, Sander Pronk, Roland Schulz,
            Michael Shirts, Alfons Sijbers, Peter Tieleman,

            Berk Hess, David van der Spoel, and Erik Lindahl.

   Copyright (c) 1991-2000, University of Groningen, The Netherlands.
         Copyright (c) 2001-2010, The GROMACS development team at
      Uppsala University & The Royal Institute of Technology, Sweden.
         check out http://www.gromacs.org for more information.

      This program is free software; you can redistribute it and/or
      modify it under the terms of the GNU General Public License
      as published by the Free Software Foundation; either version 2
         of the License, or (at your option) any later version.

                              :-)  grompp  (-:

Option    Filename  Type       Description
------------------------------------------------------------
  -f    ions.mdp  Input       grompp input file with MD parameters
-po    mdout.mdp  Output    grompp input file with MD parameters
  -c  1AKI_solv.gro  Input       Structure file: gro g96 pdb tpr etc.
  -r    conf.gro  Input, Opt.  Structure file: gro g96 pdb tpr etc.
-rb    conf.gro  Input, Opt.  Structure file: gro g96 pdb tpr etc.
  -n    index.ndx  Input, Opt.  Index file
  -p    topol.top  Input       Topology file
-pp  processed.top  Output, Opt. Topology file
  -o    ions.tpr  Output    Run input file: tpr tpb tpa
  -t    traj.trr  Input, Opt.  Full precision trajectory: trr trj cpt
  -e    ener.edr  Input, Opt.  Energy file

Option    Type Value Description
------------------------------------------------------
-[no]h    bool no    Print help info and quit
-[no]version bool no    Print version info and quit
-nice       int 0    Set the nicelevel
-[no]v    bool no    Be loud and noisy
-time       real -1    Take frame at or first after this time.
-[no]rmvsbds bool yes    Remove constant bonded interactions with virtual
                        sites
-maxwarn    int 0    Number of allowed warnings during input
                        processing. Not for normal use and may generate
                        unstable systems
-[no]zero bool no    Set parameters for bonded interactions without
                        defaults to zero instead of generating an error
-[no]renum bool yes    Renumber atomtypes and minimize number of
                        atomtypes

Back Off! I just backed up mdout.mdp to ./#mdout.mdp.2#
Generated 332520 of the 332520 non-bonded parameter combinations
Generating 1-4 interactions: fudge = 0.5
Generated 332520 of the 332520 1-4 parameter combinations
Excluding 3 bonded neighbours molecule type 'Protein_chain_A'

NOTE 1 [file topol.top, line 18406]:
  System has non-zero total charge: 8.000000e+000

-------------------------------------------------------
Program grompp, VERSION 4.5.4
Source code file: ..\..\..\source\src\kernel\grompp.c, line: 523

Fatal error:
number of coordinates in coordinate file (1AKI_solv.gro, 34456)
         does not match topology (topol.top, 1960)
For more information and tips for troubleshooting, please check the GROMACS
website at http://www.gromacs.org/Documentation/Errors
-------------------------------------------------------

"Why Do *You* Use Constraints ?" (H.J.C. Berendsen

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1楼 2015-09-26 12:00:00

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声梦奇缘001

木虫 (正式写手)

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专业: 化学工程及工业化学

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
zhaimen: 金币+1, ★有帮助, 谢了啊，我准备看一下手册后再来完成这个教程。 2015-09-28 20:21:29

top文件中的原子个数和gro文件中的原子个数不对应。你确定你把水分子的个数添加到了top文件中的molecules部分了吗？

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只做不说，明知没地位，坚信有机会

2楼2015-09-26 15:02:23

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zhaimen

新虫 (初入文坛)

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引用回帖:

2楼: Originally posted by 声梦奇缘001 at 2015-09-26 15:02:23
top文件中的原子个数和gro文件中的原子个数不对应。你确定你把水分子的个数添加到了top文件中的molecules部分了吗？

这是我前面执行过的语句：
1；pdb2gmx -f 1AKI.pdb -o 1AKI_processed.gro -water spce
2; editconf -f 1AKI_processed.gro -o 1AKI_newbox.gro -c -d 1.0 -bt cubic
3; genbox -cp 1AKI_newbox.gro -cs spc216.gro -o 1AKI_solv.gro -p topol.top
4;grompp -f ions.mdp -c 1AKI_solv.gro -p topol.top -o ions.tpr
我是一个超新手，以前没有任何分子模拟的经验，也没有学过相关课程。今天下午我又重新操作了一遍，执行到第四句时出现了新的错误：no molecules were defined in the systerm.我崩溃了！这个教程我已经弄了快一星期了，就是卡在第四句上。求指点!

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3楼2015-09-26 16:57:25

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_徐斌_xb

铁虫 (初入文坛)

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引用回帖:

3楼: Originally posted by zhaimen at 2015-09-26 16:57:25
这是我前面执行过的语句：
1；pdb2gmx -f 1AKI.pdb -o 1AKI_processed.gro -water spce
2; editconf -f 1AKI_processed.gro -o 1AKI_newbox.gro -c -d 1.0 -bt cubic
3; genbox -cp 1AKI_newbox.gro -cs spc2 ...

第四句执行错误了，应该是前面出现了问题。
Fatal error:
number of coordinates in coordinate file (1AKI_solv.gro, 34456)
does not match topology (topol.top, 1960)
说明你的topol文件就没有得到更新。
所以问题可能出现在第一，第二步。还有一些细节处理不好就很容易报错的

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4楼2015-10-01 15:25:08

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