24小时热门版块排行榜    

查看: 2856  |  回复: 9
当前只显示满足指定条件的回帖,点击这里查看本话题的所有回帖

zhaimen

新虫 (初入文坛)

[求助] 执行水中的溶菌酶教程时生成不了tpr文件 已有1人参与

D:\gromacs\my test> grompp -f ions.mdp -c 1AKI_solv.gro -p topol.top -o ions.tpr

                         :-)  G  R  O  M  A  C  S  (-:

               Giving Russians Opium May Alter Current Situation

                            :-)  VERSION 4.5.4  (-:

        Written by Emile Apol, Rossen Apostolov, Herman J.C. Berendsen,
      Aldert van Buuren, P?r Bjelkmar, Rudi van Drunen, Anton Feenstra,
        Gerrit Groenhof, Peter Kasson, Per Larsson, Pieter Meulenhoff,
           Teemu Murtola, Szilard Pall, Sander Pronk, Roland Schulz,
                Michael Shirts, Alfons Sijbers, Peter Tieleman,

               Berk Hess, David van der Spoel, and Erik Lindahl.

       Copyright (c) 1991-2000, University of Groningen, The Netherlands.
            Copyright (c) 2001-2010, The GROMACS development team at
        Uppsala University & The Royal Institute of Technology, Sweden.
            check out http://www.gromacs.org for more information.

         This program is free software; you can redistribute it and/or
          modify it under the terms of the GNU General Public License
         as published by the Free Software Foundation; either version 2
             of the License, or (at your option) any later version.

                                :-)  grompp  (-:

Option     Filename  Type         Description
------------------------------------------------------------
  -f       ions.mdp  Input        grompp input file with MD parameters
-po      mdout.mdp  Output       grompp input file with MD parameters
  -c  1AKI_solv.gro  Input        Structure file: gro g96 pdb tpr etc.
  -r       conf.gro  Input, Opt.  Structure file: gro g96 pdb tpr etc.
-rb       conf.gro  Input, Opt.  Structure file: gro g96 pdb tpr etc.
  -n      index.ndx  Input, Opt.  Index file
  -p      topol.top  Input        Topology file
-pp  processed.top  Output, Opt. Topology file
  -o       ions.tpr  Output       Run input file: tpr tpb tpa
  -t       traj.trr  Input, Opt.  Full precision trajectory: trr trj cpt
  -e       ener.edr  Input, Opt.  Energy file

Option       Type   Value   Description
------------------------------------------------------
-[no]h       bool   no      Print help info and quit
-[no]version bool   no      Print version info and quit
-nice        int    0       Set the nicelevel
-[no]v       bool   no      Be loud and noisy
-time        real   -1      Take frame at or first after this time.
-[no]rmvsbds bool   yes     Remove constant bonded interactions with virtual
                            sites
-maxwarn     int    0       Number of allowed warnings during input
                            processing. Not for normal use and may generate
                            unstable systems
-[no]zero    bool   no      Set parameters for bonded interactions without
                            defaults to zero instead of generating an error
-[no]renum   bool   yes     Renumber atomtypes and minimize number of
                            atomtypes


Back Off! I just backed up mdout.mdp to ./#mdout.mdp.2#
Generated 332520 of the 332520 non-bonded parameter combinations
Generating 1-4 interactions: fudge = 0.5
Generated 332520 of the 332520 1-4 parameter combinations
Excluding 3 bonded neighbours molecule type 'Protein_chain_A'

NOTE 1 [file topol.top, line 18406]:
  System has non-zero total charge: 8.000000e+000




-------------------------------------------------------
Program grompp, VERSION 4.5.4
Source code file: ..\..\..\source\src\kernel\grompp.c, line: 523

Fatal error:
number of coordinates in coordinate file (1AKI_solv.gro, 34456)
             does not match topology (topol.top, 1960)
For more information and tips for troubleshooting, please check the GROMACS
website at http://www.gromacs.org/Documentation/Errors
-------------------------------------------------------

"Why Do *You* Use Constraints ?" (H.J.C. Berendsen
回复此楼

» 猜你喜欢

已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

pl925

禁虫 (小有名气)

本帖内容被屏蔽

9楼2020-01-06 15:18:24
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 10 个回答

声梦奇缘001

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖


感谢参与,应助指数 +1
zhaimen: 金币+1, 有帮助, 谢了啊,我准备看一下手册后再来完成这个教程。 2015-09-28 20:21:29
top文件中的原子个数和gro文件中的原子个数不对应。你确定你把水分子的个数添加到了top文件中的molecules部分了吗?
只做不说,明知没地位,坚信有机会
2楼2015-09-26 15:02:23
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zhaimen

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
2楼: Originally posted by 声梦奇缘001 at 2015-09-26 15:02:23
top文件中的原子个数和gro文件中的原子个数不对应。你确定你把水分子的个数添加到了top文件中的molecules部分了吗?

这是我前面执行过的语句:
1;pdb2gmx -f 1AKI.pdb -o 1AKI_processed.gro -water spce
2;  editconf -f 1AKI_processed.gro -o 1AKI_newbox.gro -c -d 1.0 -bt cubic
3;  genbox -cp 1AKI_newbox.gro -cs spc216.gro -o 1AKI_solv.gro -p topol.top
4;grompp -f ions.mdp -c 1AKI_solv.gro -p topol.top -o ions.tpr
我是一个超新手,以前没有任何分子模拟的经验,也没有学过相关课程。今天下午我又重新操作了一遍,执行到第四句时出现了新的错误:no molecules were defined in the systerm.我崩溃了!这个教程我已经弄了快一星期了,就是卡在第四句上。求指点!
3楼2015-09-26 16:57:25
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

_徐斌_xb

铁虫 (初入文坛)

引用回帖:
3楼: Originally posted by zhaimen at 2015-09-26 16:57:25
这是我前面执行过的语句:
1;pdb2gmx -f 1AKI.pdb -o 1AKI_processed.gro -water spce
2;  editconf -f 1AKI_processed.gro -o 1AKI_newbox.gro -c -d 1.0 -bt cubic
3;  genbox -cp 1AKI_newbox.gro -cs spc2 ...

第四句执行错误了,应该是前面出现了问题。
Fatal error:
number of coordinates in coordinate file (1AKI_solv.gro, 34456)
             does not match topology (topol.top, 1960)
说明你的topol文件就没有得到更新。
所以问题可能出现在第一,第二步。还有一些细节处理不好就很容易报错的
4楼2015-10-01 15:25:08
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 293求调剂 +3 涛涛Wjt 2026-03-22 5/250 2026-03-22 22:21 by jiangpengfei
[考研] 环境学硕288求调剂 +6 皮皮皮123456 2026-03-22 6/300 2026-03-22 16:52 by i_cooler
[考研] 293求调剂 +12 zjl的号 2026-03-16 17/850 2026-03-22 16:51 by i_cooler
[考研] 一志愿070300浙大化学358分,求调剂! +3 酥酥鱼.. 2026-03-21 3/150 2026-03-22 11:31 by 杨杨杨紫
[考博] 招收博士1-2人 +3 QGZDSYS 2026-03-18 4/200 2026-03-22 10:25 by QGZDSYS
[考研] 296求调剂 +4 www_q 2026-03-20 4/200 2026-03-21 17:26 by 学员8dgXkO
[考研] 266求调剂 +3 哇呼哼呼哼 2026-03-20 3/150 2026-03-21 16:46 by barlinike
[考研] 0805材料320求调剂 +3 深海物语 2026-03-20 3/150 2026-03-21 15:46 by 无际的草原
[考研] 求调剂 +3 白QF 2026-03-21 3/150 2026-03-21 13:12 by zhukairuo
[考研] 南昌大学材料专硕311分求调剂 +6 77chaselx 2026-03-20 6/300 2026-03-21 07:24 by JourneyLucky
[考研] 324分 085600材料化工求调剂 +4 llllkkkhh 2026-03-18 4/200 2026-03-21 01:24 by JourneyLucky
[考研] 317求调剂 +5 申子申申 2026-03-19 9/450 2026-03-20 22:26 by JourneyLucky
[考研] 求调剂,一志愿:南京航空航天大学大学 ,080500材料科学与工程学硕,总分289分 +4 @taotao 2026-03-19 4/200 2026-03-20 22:14 by JourneyLucky
[考研] 广西大学家禽遗传育种课题组2026年硕士招生(接收计算机专业调剂) +3 123阿标 2026-03-17 3/150 2026-03-20 15:58 by 飞行琦
[考研] 298-一志愿中国农业大学-求调剂 +9 手机用户 2026-03-17 9/450 2026-03-20 14:24 by 无懈可击111
[考研] 一志愿中国海洋大学,生物学,301分,求调剂 +5 1孙悟空 2026-03-17 6/300 2026-03-19 23:46 by zcl123
[考研] 085600材料与化工调剂 324分 +10 llllkkkhh 2026-03-18 12/600 2026-03-19 14:33 by llllkkkhh
[考研] 286求调剂 +6 lemonzzn 2026-03-16 10/500 2026-03-19 14:31 by lemonzzn
[考研] 277调剂 +5 自由煎饼果子 2026-03-16 6/300 2026-03-17 19:26 by 李leezz
[考研] 11408 一志愿西电,277分求调剂 +3 zhouzhen654 2026-03-16 3/150 2026-03-17 07:03 by laoshidan
信息提示
请填处理意见