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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 执行水中的溶菌酶教程时生成不了tpr文件
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zhaimen

新虫 (初入文坛)

[求助] 执行水中的溶菌酶教程时生成不了tpr文件 已有1人参与

D:\gromacs\my test> grompp -f ions.mdp -c 1AKI_solv.gro -p topol.top -o ions.tpr

                         :-)  G  R  O  M  A  C  S  (-:

               Giving Russians Opium May Alter Current Situation

                            :-)  VERSION 4.5.4  (-:

        Written by Emile Apol, Rossen Apostolov, Herman J.C. Berendsen,
      Aldert van Buuren, P?r Bjelkmar, Rudi van Drunen, Anton Feenstra,
        Gerrit Groenhof, Peter Kasson, Per Larsson, Pieter Meulenhoff,
           Teemu Murtola, Szilard Pall, Sander Pronk, Roland Schulz,
                Michael Shirts, Alfons Sijbers, Peter Tieleman,

               Berk Hess, David van der Spoel, and Erik Lindahl.

       Copyright (c) 1991-2000, University of Groningen, The Netherlands.
            Copyright (c) 2001-2010, The GROMACS development team at
        Uppsala University & The Royal Institute of Technology, Sweden.
            check out http://www.gromacs.org for more information.

         This program is free software; you can redistribute it and/or
          modify it under the terms of the GNU General Public License
         as published by the Free Software Foundation; either version 2
             of the License, or (at your option) any later version.

                                :-)  grompp  (-:

Option     Filename  Type         Description
------------------------------------------------------------
  -f       ions.mdp  Input        grompp input file with MD parameters
-po      mdout.mdp  Output       grompp input file with MD parameters
  -c  1AKI_solv.gro  Input        Structure file: gro g96 pdb tpr etc.
  -r       conf.gro  Input, Opt.  Structure file: gro g96 pdb tpr etc.
-rb       conf.gro  Input, Opt.  Structure file: gro g96 pdb tpr etc.
  -n      index.ndx  Input, Opt.  Index file
  -p      topol.top  Input        Topology file
-pp  processed.top  Output, Opt. Topology file
  -o       ions.tpr  Output       Run input file: tpr tpb tpa
  -t       traj.trr  Input, Opt.  Full precision trajectory: trr trj cpt
  -e       ener.edr  Input, Opt.  Energy file

Option       Type   Value   Description
------------------------------------------------------
-[no]h       bool   no      Print help info and quit
-[no]version bool   no      Print version info and quit
-nice        int    0       Set the nicelevel
-[no]v       bool   no      Be loud and noisy
-time        real   -1      Take frame at or first after this time.
-[no]rmvsbds bool   yes     Remove constant bonded interactions with virtual
                            sites
-maxwarn     int    0       Number of allowed warnings during input
                            processing. Not for normal use and may generate
                            unstable systems
-[no]zero    bool   no      Set parameters for bonded interactions without
                            defaults to zero instead of generating an error
-[no]renum   bool   yes     Renumber atomtypes and minimize number of
                            atomtypes


Back Off! I just backed up mdout.mdp to ./#mdout.mdp.2#
Generated 332520 of the 332520 non-bonded parameter combinations
Generating 1-4 interactions: fudge = 0.5
Generated 332520 of the 332520 1-4 parameter combinations
Excluding 3 bonded neighbours molecule type 'Protein_chain_A'

NOTE 1 [file topol.top, line 18406]:
  System has non-zero total charge: 8.000000e+000




-------------------------------------------------------
Program grompp, VERSION 4.5.4
Source code file: ..\..\..\source\src\kernel\grompp.c, line: 523

Fatal error:
number of coordinates in coordinate file (1AKI_solv.gro, 34456)
             does not match topology (topol.top, 1960)
For more information and tips for troubleshooting, please check the GROMACS
website at http://www.gromacs.org/Documentation/Errors
-------------------------------------------------------

"Why Do *You* Use Constraints ?" (H.J.C. Berendsen
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1楼 2015-09-26 12:00:00
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

pl940

禁虫 (小有名气)
本帖内容被屏蔽
7楼2020-01-02 15:43:00
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声梦奇缘001

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
zhaimen: 金币+1, ★有帮助, 谢了啊，我准备看一下手册后再来完成这个教程。 2015-09-28 20:21:29
top文件中的原子个数和gro文件中的原子个数不对应。你确定你把水分子的个数添加到了top文件中的molecules部分了吗？
赞一下 回复此楼
只做不说，明知没地位，坚信有机会
2楼2015-09-26 15:02:23
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zhaimen

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by 声梦奇缘001 at 2015-09-26 15:02:23
top文件中的原子个数和gro文件中的原子个数不对应。你确定你把水分子的个数添加到了top文件中的molecules部分了吗？

这是我前面执行过的语句：
1；pdb2gmx -f 1AKI.pdb -o 1AKI_processed.gro -water spce
2;  editconf -f 1AKI_processed.gro -o 1AKI_newbox.gro -c -d 1.0 -bt cubic
3;  genbox -cp 1AKI_newbox.gro -cs spc216.gro -o 1AKI_solv.gro -p topol.top
4;grompp -f ions.mdp -c 1AKI_solv.gro -p topol.top -o ions.tpr
我是一个超新手，以前没有任何分子模拟的经验，也没有学过相关课程。今天下午我又重新操作了一遍，执行到第四句时出现了新的错误：no molecules were defined in the systerm.我崩溃了！这个教程我已经弄了快一星期了，就是卡在第四句上。求指点!
赞一下(1人) 回复此楼
3楼2015-09-26 16:57:25
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_徐斌_xb

铁虫 (初入文坛)
引用回帖:
3楼: Originally posted by zhaimen at 2015-09-26 16:57:25
这是我前面执行过的语句：
1；pdb2gmx -f 1AKI.pdb -o 1AKI_processed.gro -water spce
2;  editconf -f 1AKI_processed.gro -o 1AKI_newbox.gro -c -d 1.0 -bt cubic
3;  genbox -cp 1AKI_newbox.gro -cs spc2 ...

第四句执行错误了，应该是前面出现了问题。
Fatal error:
number of coordinates in coordinate file (1AKI_solv.gro, 34456)
             does not match topology (topol.top, 1960)
说明你的topol文件就没有得到更新。
所以问题可能出现在第一，第二步。还有一些细节处理不好就很容易报错的
赞一下 回复此楼
4楼2015-10-01 15:25:08
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