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只如初见蓉

铁虫 (小有名气)

[求助] 一个基因没有克隆到全长序列可以做实时定量分析吗 已有5人参与

大神们:
         求解:如题,在做实时定量PCR时是否需要对象基因必须扩增到全长?为什么?
小弟近期开始进行实时定量方面的工作,由于对象基因的种类较多,全部拿到全长需要太多时间,那么考虑部分片段是否可以进行实时定量。
谢谢!
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反应链

新虫 (正式写手)

不需要,cDNA即可。
2楼2015-09-22 18:38:19
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只如初见蓉

铁虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by 反应链 at 2015-09-22 18:38:19
不需要,cDNA即可。

也就是说只要有片段就可以了?
3楼2015-09-22 18:46:07
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只如初见蓉

铁虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by 反应链 at 2015-09-22 18:38:19
不需要,cDNA即可。

但是我们老师说实时定量时基于完整序列的。需要其基因全长才行。
请问有没有文献支撑。
4楼2015-09-22 18:47:02
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stone2239

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
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西门吹雪170: 金币+2, 鼓励回帖交流 2015-09-22 22:16:52
只如初见蓉: 金币+3, 有帮助 2015-10-02 14:32:39
那要看你这部分片段是哪一段?如果是基因中的保守区,而你这个基因又是个基因家族,那显然你根据保守区设计荧光定量引物做定量是不合适的,如果是基因中的可变区或UTR区,那还是可以试试的。
5楼2015-09-22 20:27:38
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蜀黍爱查房

铜虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
你们老师有点水啊,显然不需要
他是一个好人
6楼2015-09-23 09:06:03
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Neo2000

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
这个要看情况的,如果你这个基因有同源性较高的基因干扰的话,最好看下全长序列。

发自小木虫Android客户端
7楼2015-09-23 09:12:05
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阿里郎爱阿里

铜虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与,应助指数 +1
只如初见蓉: 金币+2, 有帮助 2015-10-02 14:32:26
若不知道全长的话倒是可以设计引物做定量,但是你引物的质量好不好就很难说了,万一特异性不高,溶解曲线出来好几个峰就思密达了。建议去NCBI上找找,设计引物的时候注意点。祝实验顺利!
8楼2015-09-23 10:48:31
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阿里郎爱阿里

铜虫 (正式写手)

引用回帖:
4楼: Originally posted by 只如初见蓉 at 2015-09-22 18:47:02
但是我们老师说实时定量时基于完整序列的。需要其基因全长才行。
请问有没有文献支撑。...

不需要全长
9楼2015-09-23 10:49:34
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liping121200

铜虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★
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只如初见蓉: 金币+2, 有帮助 2015-10-02 14:32:12
你先在软件例如phytozome中找到针对你研究的物种特异性强的目的基因,设计引物,不需要克隆全长,提RNA反转录的cDNA就能做模板,这是实验前期的工作,克隆全长再做的荧光定量一般是实验后期做的,看全长克隆后对基因表达量的影响
好好学习,天天向上
10楼2015-09-24 08:43:10
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