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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » PCR相关 » 一个基因没有克隆到全长序列可以做实时定量分析吗
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只如初见蓉

铁虫 (小有名气)

[求助] 一个基因没有克隆到全长序列可以做实时定量分析吗 已有5人参与

大神们：
         求解:如题，在做实时定量PCR时是否需要对象基因必须扩增到全长？为什么?
小弟近期开始进行实时定量方面的工作，由于对象基因的种类较多，全部拿到全长需要太多时间，那么考虑部分片段是否可以进行实时定量。
谢谢！
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1楼 2015-09-22 16:21:47
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反应链

新虫 (正式写手)
不需要，cDNA即可。
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2楼2015-09-22 18:38:19
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只如初见蓉

铁虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by 反应链 at 2015-09-22 18:38:19
不需要，cDNA即可。

也就是说只要有片段就可以了？
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3楼2015-09-22 18:46:07
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只如初见蓉

铁虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by 反应链 at 2015-09-22 18:38:19
不需要，cDNA即可。

但是我们老师说实时定量时基于完整序列的。需要其基因全长才行。
请问有没有文献支撑。
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4楼2015-09-22 18:47:02
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stone2239

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
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西门吹雪170: 金币+2, 鼓励回帖交流 2015-09-22 22:16:52
只如初见蓉: 金币+3, ★有帮助 2015-10-02 14:32:39
那要看你这部分片段是哪一段？如果是基因中的保守区，而你这个基因又是个基因家族，那显然你根据保守区设计荧光定量引物做定量是不合适的，如果是基因中的可变区或UTR区，那还是可以试试的。
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5楼2015-09-22 20:27:38
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蜀黍爱查房

铜虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
你们老师有点水啊，显然不需要
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他是一个好人
6楼2015-09-23 09:06:03
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Neo2000

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
这个要看情况的，如果你这个基因有同源性较高的基因干扰的话，最好看下全长序列。

发自小木虫Android客户端
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7楼2015-09-23 09:12:05
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阿里郎爱阿里

铜虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
只如初见蓉: 金币+2, ★有帮助 2015-10-02 14:32:26
若不知道全长的话倒是可以设计引物做定量，但是你引物的质量好不好就很难说了，万一特异性不高，溶解曲线出来好几个峰就思密达了。建议去NCBI上找找，设计引物的时候注意点。祝实验顺利！
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8楼2015-09-23 10:48:31
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阿里郎爱阿里

铜虫 (正式写手)
引用回帖:
4楼: Originally posted by 只如初见蓉 at 2015-09-22 18:47:02
但是我们老师说实时定量时基于完整序列的。需要其基因全长才行。
请问有没有文献支撑。...

不需要全长
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9楼2015-09-23 10:49:34
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liping121200

铜虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
只如初见蓉: 金币+2, ★有帮助 2015-10-02 14:32:12
你先在软件例如phytozome中找到针对你研究的物种特异性强的目的基因，设计引物，不需要克隆全长，提RNA反转录的cDNA就能做模板,这是实验前期的工作，克隆全长再做的荧光定量一般是实验后期做的，看全长克隆后对基因表达量的影响
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好好学习，天天向上
10楼2015-09-24 08:43:10
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