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rainfans1

新虫 (初入文坛)

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[交流] 【UPLC-Q-TOF-MS/MS代谢组学数据处理分析】的疑惑已有3人参与

最近做一个中药坠痰下气的代谢组学研究，出来了一大堆数据，完全自己摸索，遇到很多问题，想拿出来分享一下，顺便请求下帮助！数据处理详情如下：

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1楼 2015-09-22 15:30:24

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rainfans1

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2楼2015-09-22 15:50:51

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3楼2015-09-22 15:54:49

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Scaling 模式默认的为UV模式。选择Pareto 进行OPLS-DA分析得到一下图表

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4楼2015-09-22 16:01:35

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rainfans1

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VIP>1的数据有三百多个  选择>2的作为标记物
至此标记物第1轮筛选结束
然后问题来了
（1）Scaling  模式软件默认UV模式包括SIMCA-P也是。之前在网上下了MarkerLynx_XS 培训资料，说要选择Pareto模式。然后我发现这两个模式下的VIP值>2选出来的列表相差很大。
（2）很多筛选出来的MASS 值输入总离子流图查找该色谱峰，发现很多都不像要寻找的物质很少有出来一个单峰且二级质谱图干净的
然后我想我的这个数据处理流程正不正确

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5楼2015-09-22 16:08:32

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