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rainfans1

新虫 (初入文坛)

[交流] 【UPLC-Q-TOF-MS/MS代谢组学数据处理分析】的疑惑 已有3人参与

最近做一个中药坠痰下气的代谢组学研究,出来了一大堆数据,完全自己摸索,遇到很多问题,想拿出来分享一下,顺便请求下帮助!数据处理详情如下:
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rainfans1

新虫 (初入文坛)

Scaling 模式默认的为UV模式。选择Pareto  进行OPLS-DA分析  得到一下图表
【UPLC-Q-TOF-MS/MS代谢组学数据处理分析】的疑惑
1.png


【UPLC-Q-TOF-MS/MS代谢组学数据处理分析】的疑惑-1
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【UPLC-Q-TOF-MS/MS代谢组学数据处理分析】的疑惑-2
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【UPLC-Q-TOF-MS/MS代谢组学数据处理分析】的疑惑-3
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4楼2015-09-22 16:01:35
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rainfans1

新虫 (初入文坛)

VIP>1的数据有三百多个  选择>2的作为标记物
至此标记物第1轮筛选结束
然后问题来了
(1)Scaling  模式   软件默认UV模式 包括SIMCA-P也是。之前在网上下了MarkerLynx_XS 培训资料,说要选择Pareto模式。然后我发现这两个模式下的VIP值>2选出来的列表相差很大。
(2)很多筛选出来的MASS 值输入总离子流图查找该色谱峰,发现很多都不像要寻找的物质 很少有出来一个单峰 且二级质谱图干净的  
然后我想我的这个数据处理流程正不正确
5楼2015-09-22 16:08:32
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fuwanqin

新虫 (初入文坛)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
看SIMICA-1,选绝对值大于0.9的,,s-plot图中选相差较远的,完成筛选,然后回到结果表,全选,右键搜库
7楼2015-09-24 15:05:37
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rainfans1

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
7楼: Originally posted by fuwanqin at 2015-09-24 15:05:37
看SIMICA-1,选绝对值大于0.9的,,s-plot图中选相差较远的,完成筛选,然后回到结果表,全选,右键搜库

请问你懂那个score图里面的t[Comp.1]/t[Comp.2]是什么意思吗,一般做出来的X-Axis:Comp和Y-Axis:Comp都有几种,t[Comp.1]/t[Comp.2]是最重要的模式,选择其他的时候分离效果明显变化!
8楼2015-09-27 16:25:51
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