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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 药学 » 药物分析 » 【UPLC-Q-TOF-MS/MS代谢组学数据处理分析】的疑惑
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rainfans1

新虫 (初入文坛)

[交流] 【UPLC-Q-TOF-MS/MS代谢组学数据处理分析】的疑惑 已有3人参与

最近做一个中药坠痰下气的代谢组学研究，出来了一大堆数据，完全自己摸索，遇到很多问题，想拿出来分享一下，顺便请求下帮助！数据处理详情如下：
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1楼 2015-09-22 15:30:24
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rainfans1

新虫 (初入文坛)
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2楼2015-09-22 15:50:51
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rainfans1

新虫 (初入文坛)
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3楼2015-09-22 15:54:49
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rainfans1

新虫 (初入文坛)
Scaling 模式默认的为UV模式。选择Pareto  进行OPLS-DA分析  得到一下图表
【UPLC-Q-TOF-MS/MS代谢组学数据处理分析】的疑惑
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【UPLC-Q-TOF-MS/MS代谢组学数据处理分析】的疑惑-1
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【UPLC-Q-TOF-MS/MS代谢组学数据处理分析】的疑惑-2
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【UPLC-Q-TOF-MS/MS代谢组学数据处理分析】的疑惑-3
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4楼2015-09-22 16:01:35
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rainfans1

新虫 (初入文坛)
VIP>1的数据有三百多个  选择>2的作为标记物
至此标记物第1轮筛选结束
然后问题来了
（1）Scaling  模式   软件默认UV模式 包括SIMCA-P也是。之前在网上下了MarkerLynx_XS 培训资料，说要选择Pareto模式。然后我发现这两个模式下的VIP值>2选出来的列表相差很大。
（2）很多筛选出来的MASS 值输入总离子流图查找该色谱峰，发现很多都不像要寻找的物质 很少有出来一个单峰 且二级质谱图干净的  
然后我想我的这个数据处理流程正不正确
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5楼2015-09-22 16:08:32
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pengbing99

木虫 (正式写手)
坐等学习！
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人生短促，技艺长存。
6楼2015-09-24 08:41:46
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fuwanqin

新虫 (初入文坛)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
看SIMICA-1，选绝对值大于0.9的，，s-plot图中选相差较远的，完成筛选，然后回到结果表，全选，右键搜库
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7楼2015-09-24 15:05:37
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rainfans1

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
7楼: Originally posted by fuwanqin at 2015-09-24 15:05:37
看SIMICA-1，选绝对值大于0.9的，，s-plot图中选相差较远的，完成筛选，然后回到结果表，全选，右键搜库

请问你懂那个score图里面的t[Comp.1]/t[Comp.2]是什么意思吗，一般做出来的X-Axis:Comp和Y-Axis:Comp都有几种，t[Comp.1]/t[Comp.2]是最重要的模式，选择其他的时候分离效果明显变化！
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8楼2015-09-27 16:25:51
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tqwerty

新虫 (初入文坛)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
我最近也刚接触代谢组学。。。一团浆糊，质谱图一级二级有什么区别呢，还有怎么根据出来的图谱确定物质结构，楼主有没有资料之类的推荐呀
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9楼2015-09-28 16:21:23
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