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xp软件计算二面角以及点到面的距离---附shelxl安装文件
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前面见个一个帖子 Mercury软件中关于平面的二个计算 http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=816450 里面介绍是用mercury计算晶体结构中的二面角 这样的计算缺少误差 在实际的论文发表中很不方便 可能有一些人都知道是用xp来计算二面角 下面我就简单的介绍一下方法 以供不熟悉的虫虫学习，如有不足 还请多多指正 共同学习 ------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------ 就下图中的一个分子而言，计算： 1）. 由C1 C2 C3 C4 C5 C6 N1平面 和C9 C10 C11 C12 C13 N2平面的二面角 2）.C7到C1 C2 C3 C4 C5 C6 N1平面的距离 1）步骤： 1. 打开ins文件 2. 在UNIT一行下加入以下指令 mpla 6 C1 C2 C3 C4 C5 C6 N1 mpla 6 C9 C10 C11 C12 C13 N2 其中6为平面中的原子数 3.保存ins 4. xl计算 5.打开lst文件 在最下方可以看到如下结果: Least-squares planes (x,y,z in crystal coordinates) and deviations from them (* indicates atom used to define plane) 8.4032 (0.0088) x + 4.3673 (0.0076) y + 5.9809 (0.0156) z = 1.7816 (0.0014) * 0.0005 (0.0017) C1 * -0.0106 (0.0017) C2 * -0.0035 (0.0016) C3 * -0.0065 (0.0017) C4 * 0.0080 (0.0016) C5 * 0.0122 (0.0015) N1 Rms deviation of fitted atoms = 0.0079 5.6400 (0.0108) x - 1.1439 (0.0103) y - 13.9404 (0.0099) z = 1.1027 (0.0083) Angle to previous plane (with approximate esd) = 84.39 ( 0.08 ) * -0.0012 (0.0019) N2 * -0.0085 (0.0017) C13 * 0.0061 (0.0018) C12 * -0.0010 (0.0020) C11 * -0.0018 (0.0020) C10 * 0.0063 (0.0018) C9 Rms deviation of fitted atoms = 0.0051 其中蓝色部分为得到的二面角，括号内为误差 2）步骤： 1. 打开ins 2. 在UNIT行下加入如下指令 mpla 6 n1 c1 c2 c3 c4 c5 c7 3.xl计算 4.lst文件最下方出现结果 Least-squares planes (x,y,z in crystal coordinates) and deviations from them (* indicates atom used to define plane) 8.4032 (0.0088) x + 4.3673 (0.0076) y + 5.9809 (0.0156) z = 1.7816 (0.0014) * 0.0005 (0.0017) C1 * -0.0106 (0.0017) C2 * -0.0035 (0.0016) C3 * -0.0065 (0.0017) C4 * 0.0080 (0.0016) C5 * 0.0122 (0.0015) N1 1.5047 (0.0042) C7 蓝色为结果 ------------------------------------------------------------------------------------------------- 基本上其他的类似 大家多多交流 有错误的地方请多多指正  shelxl安装文件 http://www.namipan.com/d/9462fdc ... cbfc9cf1a8962cd0101 序列号 PM我~ [ Last edited by huahua1216 on 2008-8-31 at 19:54 ] |
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15楼2008-12-24 20:41:29
16楼2008-12-24 21:44:50
★★★★★ 五星级,优秀推荐
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斑竹,您的shelxl下载链接 http://www.namipan.com/d/9462fdc ... cbfc9cf1a8962cd0101 不能下载了,能否再提供一个shelx安装文件和序列号给我呢 flyskysky@126.com |
17楼2008-12-24 22:03:39
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非常感谢啊! 计算得到了下面的结果 Least-squares planes (x,y,z in crystal coordinates) and deviations from them (* indicates atom used to define plane) - 23.7443 (0.0717) x + 7.6397 (0.0402) y + 4.2948 (0.0356) z = 4.6081 (0.0077) * 0.0070 (0.0047) C1 * -0.0090 (0.0050) C2 * 0.0075 (0.0049) C3 * -0.0030 (0.0047) C4 * -0.0025 (0.0047) C5 -1.6506 (0.0029) Fe1 Rms deviation of fitted atoms = 0.0064 但请问一下，发文章时 误差就是写(0.0029)吗，但我看文章还象没有出现过小数啊 还是要去掉几个0，写成(29) 或(3) |
18楼2008-12-25 12:51:51
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但是我的二面角怎么都出不来, 为什么呢 是否是这样子的 原文件是 UNIT 176 248 16 24 8 V = 4327.94 F(000) = 1816.0 Mu = 0.72 mm-1 Cell Wt = 3418.70 Rho = 1.312 omit 2 0 0 OMIT -3.00 51.00 L.S. 4 EXTI 0.00042 ACTA 我在unit下一行加上要算得部分,变成 UNIT 176 248 16 24 8 mpla 5 c1 c2 c3 c4 c5 mpla 5 c6 c7 c8 c9 c10 V = 4327.94 F(000) = 1816.0 Mu = 0.72 mm-1 Cell Wt = 3418.70 Rho = 1.312 omit 2 0 0 OMIT -3.00 51.00 但是执行XL后,却找不到要算得数据啊,为什么呢 |
19楼2008-12-25 14:26:12
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hieagle4楼
2008-08-31 21:06
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谢谢分享！