| 查看: 4476 | 回复: 31 | |||
| 【奖励】 本帖被评价16次，作者huahua1216增加金币 13.5 个 | |||
| 当前主题已经存档。 | |||
[资源]
xp软件计算二面角以及点到面的距离---附shelxl安装文件
|
|||
|
前面见个一个帖子 Mercury软件中关于平面的二个计算 http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=816450 里面介绍是用mercury计算晶体结构中的二面角 这样的计算缺少误差 在实际的论文发表中很不方便 可能有一些人都知道是用xp来计算二面角 下面我就简单的介绍一下方法 以供不熟悉的虫虫学习，如有不足 还请多多指正 共同学习 ------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------ 就下图中的一个分子而言，计算： 1）. 由C1 C2 C3 C4 C5 C6 N1平面 和C9 C10 C11 C12 C13 N2平面的二面角 2）.C7到C1 C2 C3 C4 C5 C6 N1平面的距离 1）步骤： 1. 打开ins文件 2. 在UNIT一行下加入以下指令 mpla 6 C1 C2 C3 C4 C5 C6 N1 mpla 6 C9 C10 C11 C12 C13 N2 其中6为平面中的原子数 3.保存ins 4. xl计算 5.打开lst文件 在最下方可以看到如下结果: Least-squares planes (x,y,z in crystal coordinates) and deviations from them (* indicates atom used to define plane) 8.4032 (0.0088) x + 4.3673 (0.0076) y + 5.9809 (0.0156) z = 1.7816 (0.0014) * 0.0005 (0.0017) C1 * -0.0106 (0.0017) C2 * -0.0035 (0.0016) C3 * -0.0065 (0.0017) C4 * 0.0080 (0.0016) C5 * 0.0122 (0.0015) N1 Rms deviation of fitted atoms = 0.0079 5.6400 (0.0108) x - 1.1439 (0.0103) y - 13.9404 (0.0099) z = 1.1027 (0.0083) Angle to previous plane (with approximate esd) = 84.39 ( 0.08 ) * -0.0012 (0.0019) N2 * -0.0085 (0.0017) C13 * 0.0061 (0.0018) C12 * -0.0010 (0.0020) C11 * -0.0018 (0.0020) C10 * 0.0063 (0.0018) C9 Rms deviation of fitted atoms = 0.0051 其中蓝色部分为得到的二面角，括号内为误差 2）步骤： 1. 打开ins 2. 在UNIT行下加入如下指令 mpla 6 n1 c1 c2 c3 c4 c5 c7 3.xl计算 4.lst文件最下方出现结果 Least-squares planes (x,y,z in crystal coordinates) and deviations from them (* indicates atom used to define plane) 8.4032 (0.0088) x + 4.3673 (0.0076) y + 5.9809 (0.0156) z = 1.7816 (0.0014) * 0.0005 (0.0017) C1 * -0.0106 (0.0017) C2 * -0.0035 (0.0016) C3 * -0.0065 (0.0017) C4 * 0.0080 (0.0016) C5 * 0.0122 (0.0015) N1 1.5047 (0.0042) C7 蓝色为结果 ------------------------------------------------------------------------------------------------- 基本上其他的类似 大家多多交流 有错误的地方请多多指正  shelxl安装文件 http://www.namipan.com/d/9462fdc ... cbfc9cf1a8962cd0101 序列号 PM我~ [ Last edited by huahua1216 on 2008-8-31 at 19:54 ] |
回复此楼» 收录本帖的淘帖专辑推荐
 晶体 |
» 猜你喜欢
【高校联合举办】2026年第五届服务机器人国际会议（ICoSR 2026）
已经有0人回复
-
深圳大学化学与环境工程学院超分子团队招收2026级申请-考核制博士生
已经有8人回复
-
无机化学论文润色/翻译怎么收费?
已经有85人回复
-
中南大学化学化工学院易小艺教授课题组招收2026级博士研究生（第二轮）
已经有0人回复
-
求助
已经有0人回复
-
0703化学26考研调剂，一志愿南昌大学
已经有2人回复
-
有没有化学、材料专业的同学需要调剂 考虑天津高效的可以邮件或者私信
已经有1人回复
-
26年博士招生
已经有15人回复
-
江西理工大学功能晶态材料方向刘遂军课题组招收2026年秋季入学博士研究生
已经有10人回复
-
宁夏大学团簇新材料团队招收材料/化学/化工专业博士生
已经有0人回复
» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)
2楼2008-08-31 19:46:50
3楼2008-08-31 19:54:24
5楼2008-09-01 09:11:21
6楼2008-09-01 14:42:42
7楼2008-09-02 10:33:05
8楼2008-09-02 13:04:19
9楼2008-09-02 18:39:20
10楼2008-09-02 21:17:10
11楼2008-09-03 18:38:54
12楼2008-09-21 08:27:16
13楼2008-09-21 08:41:19
14楼2008-09-23 17:01:23
15楼2008-12-24 20:41:29
16楼2008-12-24 21:44:50
★★★★★ 五星级,优秀推荐
|
斑竹,您的shelxl下载链接 http://www.namipan.com/d/9462fdc ... cbfc9cf1a8962cd0101 不能下载了,能否再提供一个shelx安装文件和序列号给我呢 flyskysky@126.com |
17楼2008-12-24 22:03:39
|
非常感谢啊! 计算得到了下面的结果 Least-squares planes (x,y,z in crystal coordinates) and deviations from them (* indicates atom used to define plane) - 23.7443 (0.0717) x + 7.6397 (0.0402) y + 4.2948 (0.0356) z = 4.6081 (0.0077) * 0.0070 (0.0047) C1 * -0.0090 (0.0050) C2 * 0.0075 (0.0049) C3 * -0.0030 (0.0047) C4 * -0.0025 (0.0047) C5 -1.6506 (0.0029) Fe1 Rms deviation of fitted atoms = 0.0064 但请问一下，发文章时 误差就是写(0.0029)吗，但我看文章还象没有出现过小数啊 还是要去掉几个0，写成(29) 或(3) |
18楼2008-12-25 12:51:51
|
但是我的二面角怎么都出不来, 为什么呢 是否是这样子的 原文件是 UNIT 176 248 16 24 8 V = 4327.94 F(000) = 1816.0 Mu = 0.72 mm-1 Cell Wt = 3418.70 Rho = 1.312 omit 2 0 0 OMIT -3.00 51.00 L.S. 4 EXTI 0.00042 ACTA 我在unit下一行加上要算得部分,变成 UNIT 176 248 16 24 8 mpla 5 c1 c2 c3 c4 c5 mpla 5 c6 c7 c8 c9 c10 V = 4327.94 F(000) = 1816.0 Mu = 0.72 mm-1 Cell Wt = 3418.70 Rho = 1.312 omit 2 0 0 OMIT -3.00 51.00 但是执行XL后,却找不到要算得数据啊,为什么呢 |
19楼2008-12-25 14:26:12
20楼2009-02-14 22:14:44
21楼2009-02-15 15:44:45
22楼2009-02-15 16:02:34
23楼2009-02-15 16:52:33
24楼2009-04-02 14:03:07
25楼2009-04-06 19:02:16
26楼2009-05-08 18:03:45
27楼2009-06-24 15:50:39
简单回复
hieagle4楼
2008-08-31 21:06
回复
谢谢分享！
20