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huahua1216

至尊木虫 (文坛精英)

[资源] xp软件计算二面角以及点到面的距离---附shelxl安装文件

前面见个一个帖子  Mercury软件中关于平面的二个计算
http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=816450
里面介绍是用mercury计算晶体结构中的二面角  这样的计算缺少误差在实际的论文发表中很不方便  可能有一些人都知道是用xp来计算二面角
下面我就简单的介绍一下方法  以供不熟悉的虫虫学习，如有不足还请多多指正共同学习
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就下图中的一个分子而言，计算：
1）. 由C1 C2 C3 C4 C5 C6 N1平面和C9 C10 C11 C12 C13 N2平面的二面角
2）.C7到C1 C2 C3 C4 C5 C6 N1平面的距离

1）步骤：
1. 打开ins文件
2.  在UNIT一行下加入以下指令
mpla 6  C1 C2 C3 C4 C5 C6 N1
mpla 6 C9 C10 C11 C12 C13 N2 其中6为平面中的原子数
3.保存ins
4. xl计算
5.打开lst文件
在最下方可以看到如下结果:
Least-squares planes (x,y,z in crystal coordinates) and deviations from them
(* indicates atom used to define plane)

  8.4032 (0.0088) x + 4.3673 (0.0076) y + 5.9809 (0.0156) z = 1.7816 (0.0014)

* 0.0005 (0.0017)  C1
* -0.0106 (0.0017)  C2
* -0.0035 (0.0016)  C3
* -0.0065 (0.0017)  C4
* 0.0080 (0.0016)  C5
* 0.0122 (0.0015)  N1

Rms deviation of fitted atoms = 0.0079

  5.6400 (0.0108) x - 1.1439 (0.0103) y - 13.9404 (0.0099) z = 1.1027 (0.0083)

Angle to previous plane (with approximate esd) = 84.39 ( 0.08 )

* -0.0012 (0.0019)  N2
* -0.0085 (0.0017)  C13
* 0.0061 (0.0018)  C12
* -0.0010 (0.0020)  C11
* -0.0018 (0.0020)  C10
* 0.0063 (0.0018)  C9


Rms deviation of fitted atoms = 0.0051
其中蓝色部分为得到的二面角，括号内为误差

2）步骤：
1. 打开ins
2. 在UNIT行下加入如下指令
mpla 6 n1 c1 c2 c3 c4 c5 c7
3.xl计算
4.lst文件最下方出现结果
Least-squares planes (x,y,z in crystal coordinates) and deviations from them
(* indicates atom used to define plane)

  8.4032 (0.0088) x + 4.3673 (0.0076) y + 5.9809 (0.0156) z = 1.7816 (0.0014)

* 0.0005 (0.0017)  C1
* -0.0106 (0.0017)  C2
* -0.0035 (0.0016)  C3
* -0.0065 (0.0017)  C4
* 0.0080 (0.0016)  C5
* 0.0122 (0.0015)  N1
   1.5047 (0.0042)  C7
蓝色为结果

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基本上其他的类似大家多多交流
有错误的地方请多多指正