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cnzpli

金虫 (正式写手)

[求助] 求助核苷酸序列比对和氨基酸序列比对问题已有2人参与

在进行核苷酸比对时某几个序列中间有个别碱基缺失,但是总体同源性很高。
然后换氨基酸序列比对后面的氨基酸出现连续的比不上,感觉氨基酸比对结果和碱基比对结果不是很一致,怀疑跟碱基缺失有关。
请问大家发文章怎么解释这个现象?
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cnzpli

金虫 (正式写手)

引用回帖:
2楼: Originally posted by 苏飞扬 at 2015-09-22 00:07:59
是单个或连续两个碱基缺失吗?如果是,碱基缺失造成翻译的移码,读码框排序被改变,氨基酸序列差异自然变大。

道理我都懂,但是怎么解释呢?还是直接把核苷酸的比对丢掉?
4楼2015-09-25 10:12:54
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苏飞扬

新虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与,应助指数 +1
西门吹雪170: 金币+2, 鼓励回帖交流 2015-09-22 22:17:46
是单个或连续两个碱基缺失吗?如果是,碱基缺失造成翻译的移码,读码框排序被改变,氨基酸序列差异自然变大。

发自小木虫IOS客户端
2楼2015-09-22 00:07:59
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stone2239

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与,应助指数 +1
西门吹雪170: 金币+2, 鼓励回帖交流 2015-09-22 22:18:07
如果确定你的序列能翻译成蛋白质,那写文章时应以蛋白质序列比对结果为主。核酸序列中缺失一个碱基,对于核酸序列变化不大,但是引起移码突变后蛋白质序列差异可能会非常大。
3楼2015-09-22 20:08:40
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cnzpli

金虫 (正式写手)

引用回帖:
3楼: Originally posted by stone2239 at 2015-09-22 20:08:40
如果确定你的序列能翻译成蛋白质,那写文章时应以蛋白质序列比对结果为主。核酸序列中缺失一个碱基,对于核酸序列变化不大,但是引起移码突变后蛋白质序列差异可能会非常大。

就是这种现象,多重序列比对自动填充缺失碱基后比对氨基酸序列会好很多,而且符合预期,所以我应该把核苷酸比对去掉?
5楼2015-09-25 10:14:21
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