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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 生物信息 » 求助核苷酸序列比对和氨基酸序列比对问题
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cnzpli

金虫 (正式写手)

[求助] 求助核苷酸序列比对和氨基酸序列比对问题 已有2人参与

在进行核苷酸比对时某几个序列中间有个别碱基缺失，但是总体同源性很高。
然后换氨基酸序列比对后面的氨基酸出现连续的比不上，感觉氨基酸比对结果和碱基比对结果不是很一致，怀疑跟碱基缺失有关。
请问大家发文章怎么解释这个现象？
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1楼 2015-09-21 23:34:08
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苏飞扬

新虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
西门吹雪170: 金币+2, 鼓励回帖交流 2015-09-22 22:17:46
是单个或连续两个碱基缺失吗？如果是，碱基缺失造成翻译的移码，读码框排序被改变，氨基酸序列差异自然变大。

发自小木虫IOS客户端
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2楼2015-09-22 00:07:59
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stone2239

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
西门吹雪170: 金币+2, 鼓励回帖交流 2015-09-22 22:18:07
如果确定你的序列能翻译成蛋白质，那写文章时应以蛋白质序列比对结果为主。核酸序列中缺失一个碱基，对于核酸序列变化不大，但是引起移码突变后蛋白质序列差异可能会非常大。
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3楼2015-09-22 20:08:40
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cnzpli

金虫 (正式写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by 苏飞扬 at 2015-09-22 00:07:59
是单个或连续两个碱基缺失吗？如果是，碱基缺失造成翻译的移码，读码框排序被改变，氨基酸序列差异自然变大。

道理我都懂，但是怎么解释呢？还是直接把核苷酸的比对丢掉？
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4楼2015-09-25 10:12:54
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cnzpli

金虫 (正式写手)
引用回帖:
3楼: Originally posted by stone2239 at 2015-09-22 20:08:40
如果确定你的序列能翻译成蛋白质，那写文章时应以蛋白质序列比对结果为主。核酸序列中缺失一个碱基，对于核酸序列变化不大，但是引起移码突变后蛋白质序列差异可能会非常大。

就是这种现象，多重序列比对自动填充缺失碱基后比对氨基酸序列会好很多，而且符合预期，所以我应该把核苷酸比对去掉？
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5楼2015-09-25 10:14:21
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stone2239

铁杆木虫 (著名写手)
引用回帖:
5楼: Originally posted by cnzpli at 2015-09-25 10:14:21
就是这种现象，多重序列比对自动填充缺失碱基后比对氨基酸序列会好很多，而且符合预期，所以我应该把核苷酸比对去掉？...

建议只用蛋白质比对结果，并说明出现较大差异的原因是核苷酸缺失引起移码突变，核酸序列比对结果并没有什么意义。
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6楼2015-09-25 14:55:17
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