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柳弯儿

新虫 (正式写手)

[求助] 求助!在线等!急急急!怎么查找某基因SNP突变位点??已有3人参与

正常的只要有rs号就可以直接查找SNP序列及突变位置,但是我有一个查不到,急求帮助啊!
G蛋白β3亚单位 C825  这个,可以缩写为GNB3 C825,我查文献得知它是C/T突变,但是不会在序列中找到位置,求详细方法!!!
而且我不太明白C825这个概念,大神求助,万分感谢!
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Esther_zhang

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
Rs5810761,不知道对不对,我先吃饭去,吃完饭跟你说。
2楼2015-09-17 11:28:37
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Esther_zhang

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
柳弯儿: 金币+10, ★★★很有帮助 2015-09-17 21:06:41
重新查了一下,现在的RS号是rs5443,NCBI上描述是c.825C>T,意思是CDS序列上第825个碱基是C或者T,是一个同义突变,氨基酸不改变的。
3楼2015-09-17 12:04:55
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柳弯儿

新虫 (正式写手)

引用回帖:
3楼: Originally posted by Esther_zhang at 2015-09-17 12:04:55
重新查了一下,现在的RS号是rs5443,NCBI上描述是c.825C>T,意思是CDS序列上第825个碱基是C或者T,是一个同义突变,氨基酸不改变的。

嗯嗯  那我的就对了  谢谢你   大神  再请教你一个问题,谅解我不是搞分生的,很多东西不明白。
我做的是SNP,我打算用酶切的方法,我如果想直接用文献中的引物,但是文献中是直接测序,没有给出内切酶及酶切位点,我该怎么办???急求指教!感谢不已!
4楼2015-09-17 21:06:16
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ypslly

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
在ncbi或者ensembl上把那个基因的全序列找到,就可以看到snp和周围的序列了。

发自小木虫Android客户端
5楼2015-09-17 22:45:19
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ypslly

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

引用回帖:
4楼: Originally posted by 柳弯儿 at 2015-09-17 21:06:16
嗯嗯  那我的就对了  谢谢你   大神  再请教你一个问题,谅解我不是搞分生的,很多东西不明白。
我做的是SNP,我打算用酶切的方法,我如果想直接用文献中的引物,但是文献中是直接测序,没有给出内切酶及酶切位点 ...

snp那也不一定就有酶切位点。看了序列就知道了

发自小木虫Android客户端
6楼2015-09-17 22:46:20
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柳弯儿

新虫 (正式写手)

引用回帖:
6楼: Originally posted by ypslly at 2015-09-17 22:46:20
snp那也不一定就有酶切位点。看了序列就知道了
...

唉,查来查去一头雾水啊,能不能说得详细点呢  大神
7楼2015-09-18 08:12:34
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柳弯儿

新虫 (正式写手)

引用回帖:
7楼: Originally posted by 柳弯儿 at 2015-09-18 08:12:34
唉,查来查去一头雾水啊,能不能说得详细点呢  大神...

序列已找到,就是酶切的部分不知道怎么下手,怎么查起,能不能教一下,我主要不是啊学生化的,查出来的东西也不知道对错
8楼2015-09-18 08:14:24
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Esther_zhang

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
8楼: Originally posted by 柳弯儿 at 2015-09-18 08:14:24
序列已找到,就是酶切的部分不知道怎么下手,怎么查起,能不能教一下,我主要不是啊学生化的,查出来的东西也不知道对错...

你可以用DNAstar的MAPDRAW分析序列,看SNP那有没有酶切位点,金标准就是测序,所以还是测吧,测一个序列没有几个钱。别喊大神,我现在是分子生物才入门,纯菜鸟一个
9楼2015-09-18 08:45:08
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gayalynau

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
给你个网站,把序列贴进去(2个序列,最好只有1个SNP,这样的话),就可以用在线软件预测有没有限制性内切酶
10楼2015-09-18 08:55:09
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