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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » PCR相关 » 求助！在线等！急急急！怎么查找某基因SNP突变位点？？
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柳弯儿

新虫 (正式写手)

[求助] 求助！在线等！急急急！怎么查找某基因SNP突变位点？？ 已有3人参与

正常的只要有rs号就可以直接查找SNP序列及突变位置，但是我有一个查不到，急求帮助啊！
G蛋白β3亚单位 C825  这个，可以缩写为GNB3 C825，我查文献得知它是C/T突变，但是不会在序列中找到位置，求详细方法！！！
而且我不太明白C825这个概念，大神求助，万分感谢！
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1楼 2015-09-17 09:32:18
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Esther_zhang

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
Rs5810761，不知道对不对，我先吃饭去，吃完饭跟你说。
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2楼2015-09-17 11:28:37
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Esther_zhang

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
柳弯儿: 金币+10, ★★★很有帮助 2015-09-17 21:06:41
重新查了一下，现在的RS号是rs5443，NCBI上描述是c.825C>T，意思是CDS序列上第825个碱基是C或者T，是一个同义突变，氨基酸不改变的。
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3楼2015-09-17 12:04:55
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柳弯儿

新虫 (正式写手)
引用回帖:
3楼: Originally posted by Esther_zhang at 2015-09-17 12:04:55
重新查了一下，现在的RS号是rs5443，NCBI上描述是c.825C>T，意思是CDS序列上第825个碱基是C或者T，是一个同义突变，氨基酸不改变的。

嗯嗯  那我的就对了  谢谢你   大神  再请教你一个问题，谅解我不是搞分生的，很多东西不明白。
我做的是SNP，我打算用酶切的方法，我如果想直接用文献中的引物，但是文献中是直接测序，没有给出内切酶及酶切位点，我该怎么办？？？急求指教！感谢不已！
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4楼2015-09-17 21:06:16
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ypslly

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
在ncbi或者ensembl上把那个基因的全序列找到，就可以看到snp和周围的序列了。

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5楼2015-09-17 22:45:19
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ypslly

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

引用回帖:
4楼: Originally posted by 柳弯儿 at 2015-09-17 21:06:16
嗯嗯  那我的就对了  谢谢你   大神  再请教你一个问题，谅解我不是搞分生的，很多东西不明白。
我做的是SNP，我打算用酶切的方法，我如果想直接用文献中的引物，但是文献中是直接测序，没有给出内切酶及酶切位点 ...

snp那也不一定就有酶切位点。看了序列就知道了

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6楼2015-09-17 22:46:20
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柳弯儿

新虫 (正式写手)
引用回帖:
6楼: Originally posted by ypslly at 2015-09-17 22:46:20
snp那也不一定就有酶切位点。看了序列就知道了
...

唉，查来查去一头雾水啊，能不能说得详细点呢  大神
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7楼2015-09-18 08:12:34
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柳弯儿

新虫 (正式写手)
引用回帖:
7楼: Originally posted by 柳弯儿 at 2015-09-18 08:12:34
唉，查来查去一头雾水啊，能不能说得详细点呢  大神...

序列已找到，就是酶切的部分不知道怎么下手，怎么查起，能不能教一下，我主要不是啊学生化的，查出来的东西也不知道对错
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8楼2015-09-18 08:14:24
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Esther_zhang

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
8楼: Originally posted by 柳弯儿 at 2015-09-18 08:14:24
序列已找到，就是酶切的部分不知道怎么下手，怎么查起，能不能教一下，我主要不是啊学生化的，查出来的东西也不知道对错...

你可以用DNAstar的MAPDRAW分析序列，看SNP那有没有酶切位点，金标准就是测序，所以还是测吧，测一个序列没有几个钱。别喊大神，我现在是分子生物才入门，纯菜鸟一个
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9楼2015-09-18 08:45:08
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gayalynau

铁杆木虫 (著名写手)

嗨

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
给你个网站，把序列贴进去（2个序列，最好只有1个SNP，这样的话），就可以用在线软件预测有没有限制性内切酶
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嗨
10楼2015-09-18 08:55:09
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