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北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
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吉米爱多

铁杆木虫 (著名写手)

[求助] 超算中心并行版Gromacs的安装 已有3人参与

哪位能提供跨节点并行版本Gromacs的安装过程?我在深圳超算中心的电脑上安装了gmx,我在安装时,cmake选择了-DGMX_MPI=ON,提交作业的lsf脚本文件也用了mpirun指令。
超算是每个节点12核,用32核算时比12核速度提高了许多(32核速度是12核的2.4倍),但继续扩到64核时,比32核速度却几乎没有提升(速度是32核的1.1-1.2倍)。请问这个问题可能出在哪里?就算32核扩到64核有传输损失,也不至于那么大呀。因为相比12核到32核,32核到64核速度提升太小了。
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赵红霞

铁杆木虫 (著名写手)

楼主,我也要在深圳超算上用gromacs,求提交作业的lsf文件。我私信你。
7楼2016-01-21 19:23:26
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xiaowu759

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
加速和模型尺寸有关系,如果模型尺寸较小用太多的核很多时间将乱废在核间的信息交流上

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
2楼2015-09-19 16:52:43
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声梦奇缘001

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
又不是说 核数越多,计算速度就会有很大的提升!楼上说的很对,这个和你的体系是相关的!
只做不说,明知没地位,坚信有机会
3楼2015-09-19 17:18:52
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吉米爱多

铁杆木虫 (著名写手)

引用回帖:
2楼: Originally posted by xiaowu759 at 2015-09-19 16:52:43
加速和模型尺寸有关系,如果模型尺寸较小用太多的核很多时间将乱废在核间的信息交流上

模型尺寸是指体系分子数的多少吗?
4楼2015-09-20 10:09:45
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