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吉米爱多铁杆木虫 (著名写手)
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超算中心并行版Gromacs的安装 已有3人参与
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哪位能提供跨节点并行版本Gromacs的安装过程？我在深圳超算中心的电脑上安装了gmx，我在安装时，cmake选择了-DGMX_MPI=ON，提交作业的lsf脚本文件也用了mpirun指令。 超算是每个节点12核，用32核算时比12核速度提高了许多（32核速度是12核的2.4倍），但继续扩到64核时，比32核速度却几乎没有提升(速度是32核的1.1-1.2倍)。请问这个问题可能出在哪里？就算32核扩到64核有传输损失，也不至于那么大呀。因为相比12核到32核，32核到64核速度提升太小了。 |
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