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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 超算中心并行版Gromacs的安装
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吉米爱多

铁杆木虫 (著名写手)

[求助] 超算中心并行版Gromacs的安装 已有3人参与

哪位能提供跨节点并行版本Gromacs的安装过程？我在深圳超算中心的电脑上安装了gmx，我在安装时，cmake选择了-DGMX_MPI=ON，提交作业的lsf脚本文件也用了mpirun指令。
超算是每个节点12核，用32核算时比12核速度提高了许多（32核速度是12核的2.4倍），但继续扩到64核时，比32核速度却几乎没有提升(速度是32核的1.1-1.2倍)。请问这个问题可能出在哪里？就算32核扩到64核有传输损失，也不至于那么大呀。因为相比12核到32核，32核到64核速度提升太小了。
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1楼 2015-09-16 20:26:21
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xiaowu759

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
加速和模型尺寸有关系，如果模型尺寸较小用太多的核很多时间将乱废在核间的信息交流上

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
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2楼2015-09-19 16:52:43
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声梦奇缘001

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
又不是说 核数越多，计算速度就会有很大的提升！楼上说的很对，这个和你的体系是相关的！
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只做不说，明知没地位，坚信有机会
3楼2015-09-19 17:18:52
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吉米爱多

铁杆木虫 (著名写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by xiaowu759 at 2015-09-19 16:52:43
加速和模型尺寸有关系，如果模型尺寸较小用太多的核很多时间将乱废在核间的信息交流上

模型尺寸是指体系分子数的多少吗？
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4楼2015-09-20 10:09:45
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xiaowu759

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

是的，就是分子原子的数目

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
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5楼2015-09-20 14:22:31
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fhh2626

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

建议你联系超算管理员，让他帮你安装

你体系的原子数大于一万吗？如果小于一万的话32核到64和不会有什么提升，如果大于的话应该有提升的
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6楼2015-09-20 22:42:56
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赵红霞

铁杆木虫 (著名写手)
楼主，我也要在深圳超算上用gromacs，求提交作业的lsf文件。我私信你。
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7楼2016-01-21 19:23:26
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