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xiaricha

银虫 (小有名气)

[交流] 测序问题

大家好:
     我挑过两个白斑后,摇了两管菌液,酶切检测正确后,分别送到了两家公司测序。结果出来了,两家公司测的片段大小都是正确的,我在网上比对也都是正确的,但我把这两个片段比对后却发现有十几个碱基不一样,是从头到尾,间隔出现了十几个碱基,翻译的蛋白序列也不一样,但峰值图都比较好,请问这是怎么回事啊?我这两个重组菌还能用吗?谢谢回答!这个片段有可能是新基因,所以我不能判断哪个正确。

[ Last edited by 350784478 on 2009-7-12 at 09:22 ]
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wjg_1979

木虫 (小有名气)

这是正常问题

你的片段是多大的?其实这是很正常的,有两种可能,一是你的这个引物不特异,可能扩出两个不同基因.二是既使是特异了,测序结果不完全一致也属正常,原因是在扩增的时聚合酶会导致错误,二是在测序时也会出错.关键是你下一步要做什么工作?若只是得到序列,那你多测几个克隆就行了,测5-6个克隆,进行序列比对,在错误的地方选择占数量最多的碱基就行了.若是要做表达呀等其它工作那就可同时多做几个才能知道是那个克隆有错.可能都没问题,呵呵.
11楼2008-08-31 12:54:59
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yelitao1983

银虫 (小有名气)

★ ★
xyklmu(金币+2,VIP+0):感谢答复
两家公司测序的序列一致吗!如果一致的话就不是测序的问题!最大的可能就是你的目的基因用PCR扩的时候TAq酶保真性差造成的碱基错配!你的重组菌估计不能用了!得重新做克隆
2楼2008-08-28 22:50:37
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yelitao1983

银虫 (小有名气)

两家公司测序的序列一致吗!如果一致的话就不是测序的问题!最大的可能就是你的目的基因用PCR扩的时候TAq酶保真性差造成的碱基错配!你的重组菌估计不能用了!得重新做克隆
3楼2008-08-28 22:55:24
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xiaricha

银虫 (小有名气)

测序不一致啊,重组菌不能用了??好伤心啊!我都测了好长时间了,好不容易出了点结果。一家是英俊一家是博恩!
5楼2008-08-29 11:45:17
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