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xiaricha

银虫 (小有名气)

[交流] 测序问题

大家好:
     我挑过两个白斑后,摇了两管菌液,酶切检测正确后,分别送到了两家公司测序。结果出来了,两家公司测的片段大小都是正确的,我在网上比对也都是正确的,但我把这两个片段比对后却发现有十几个碱基不一样,是从头到尾,间隔出现了十几个碱基,翻译的蛋白序列也不一样,但峰值图都比较好,请问这是怎么回事啊?我这两个重组菌还能用吗?谢谢回答!这个片段有可能是新基因,所以我不能判断哪个正确。

[ Last edited by 350784478 on 2009-7-12 at 09:22 ]
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yelitao1983

银虫 (小有名气)

★ ★
xyklmu(金币+2,VIP+0):感谢答复
两家公司测序的序列一致吗!如果一致的话就不是测序的问题!最大的可能就是你的目的基因用PCR扩的时候TAq酶保真性差造成的碱基错配!你的重组菌估计不能用了!得重新做克隆
2楼2008-08-28 22:50:37
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yelitao1983

银虫 (小有名气)

两家公司测序的序列一致吗!如果一致的话就不是测序的问题!最大的可能就是你的目的基因用PCR扩的时候TAq酶保真性差造成的碱基错配!你的重组菌估计不能用了!得重新做克隆
3楼2008-08-28 22:55:24
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xipha

木虫 (正式写手)

是哪两个公司?
4楼2008-08-29 10:30:37
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xiaricha

银虫 (小有名气)

测序不一致啊,重组菌不能用了??好伤心啊!我都测了好长时间了,好不容易出了点结果。一家是英俊一家是博恩!
5楼2008-08-29 11:45:17
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snzydong

铁杆木虫 (著名写手)

有可能是酶不保真 也可能是你当初挑克隆时就有差异 你可以多挑几个再送 不做蛋白表达就是差几个也不要紧
6楼2008-08-29 12:52:06
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xiaricha

银虫 (小有名气)

接下来我就是要做表达啊,那我的重组质粒就不能用了,是吗?我怀疑是酶的保真性不太好,那怎么办?重新做,重新测序吗?差10几个碱基会影响表达吗?会影响蛋白的活性吗?
7楼2008-08-29 16:42:57
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yelitao1983

银虫 (小有名气)

那看你翻译出来的蛋白有多大差异了!是不是关键氨基酸突变!一般来说突变十几个碱基已经差异挺大的了!不过两家测序公司测同一个质粒不一致的话很有可能是测序的问题!想办法找个测序准的公司
8楼2008-08-29 17:13:25
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qfzhang

银虫 (小有名气)

两个都做,那个能表达用那个
9楼2008-08-29 17:19:54
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yat

金虫 (小有名气)

楼主不明白你说的这句话“我在网上比对也都是正确的,但我把这两个片段比对后却发现有十几个碱基不一样,是从头到尾,间隔出现了十几个碱基”
为什么在网上比对都正确,而两个片段比较后碱基又不一样了呢?
做最好的自己,永不放弃!
10楼2008-08-30 20:56:52
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