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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 生物科学 » 测序问题
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xiaricha

银虫 (小有名气)

[交流] 测序问题

大家好：
     我挑过两个白斑后，摇了两管菌液，酶切检测正确后，分别送到了两家公司测序。结果出来了，两家公司测的片段大小都是正确的，我在网上比对也都是正确的，但我把这两个片段比对后却发现有十几个碱基不一样，是从头到尾，间隔出现了十几个碱基，翻译的蛋白序列也不一样，但峰值图都比较好，请问这是怎么回事啊？我这两个重组菌还能用吗？谢谢回答！这个片段有可能是新基因，所以我不能判断哪个正确。

[ Last edited by 350784478 on 2009-7-12 at 09:22 ]
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1楼 2008-08-28 20:02:05
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yelitao1983

银虫 (小有名气)
★ ★
xyklmu(金币+2,VIP+0):感谢答复
两家公司测序的序列一致吗！如果一致的话就不是测序的问题！最大的可能就是你的目的基因用PCR扩的时候TAq酶保真性差造成的碱基错配！你的重组菌估计不能用了！得重新做克隆
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2楼2008-08-28 22:50:37
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yelitao1983

银虫 (小有名气)
两家公司测序的序列一致吗！如果一致的话就不是测序的问题！最大的可能就是你的目的基因用PCR扩的时候TAq酶保真性差造成的碱基错配！你的重组菌估计不能用了！得重新做克隆
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3楼2008-08-28 22:55:24
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xipha

木虫 (正式写手)
是哪两个公司？
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4楼2008-08-29 10:30:37
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xiaricha

银虫 (小有名气)
测序不一致啊，重组菌不能用了？？好伤心啊！我都测了好长时间了，好不容易出了点结果。一家是英俊一家是博恩！
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5楼2008-08-29 11:45:17
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snzydong

铁杆木虫 (著名写手)
有可能是酶不保真 也可能是你当初挑克隆时就有差异 你可以多挑几个再送 不做蛋白表达就是差几个也不要紧
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6楼2008-08-29 12:52:06
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xiaricha

银虫 (小有名气)
接下来我就是要做表达啊，那我的重组质粒就不能用了，是吗？我怀疑是酶的保真性不太好，那怎么办？重新做，重新测序吗？差10几个碱基会影响表达吗？会影响蛋白的活性吗？
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7楼2008-08-29 16:42:57
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yelitao1983

银虫 (小有名气)
那看你翻译出来的蛋白有多大差异了！是不是关键氨基酸突变！一般来说突变十几个碱基已经差异挺大的了！不过两家测序公司测同一个质粒不一致的话很有可能是测序的问题！想办法找个测序准的公司
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8楼2008-08-29 17:13:25
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qfzhang

银虫 (小有名气)
两个都做，那个能表达用那个
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9楼2008-08-29 17:19:54
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yat

金虫 (小有名气)
楼主不明白你说的这句话“我在网上比对也都是正确的，但我把这两个片段比对后却发现有十几个碱基不一样，是从头到尾，间隔出现了十几个碱基”
为什么在网上比对都正确，而两个片段比较后碱基又不一样了呢？
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做最好的自己，永不放弃！
10楼2008-08-30 20:56:52
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