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weiyuanzheng

铜虫 (小有名气)

[求助] 关于肠道细菌基因组的提取问题 已有4人参与

各位老师,师兄师姐好!小虫最近开始做肠道微生物的PCR-DGGE鉴定,有几个问题想请教一下:1.肠道微生物的取样很有可能会混有宿主肠组织,那么提取出的细菌基因组会污染宿主组织DNA吗?2.PCR时选用的细菌V3区设计通用引物,因为基因组不纯,会不会把宿主基因也扩出来?3.小虫用的是斑马鱼,鱼体太小,肠道内溶物很难取样,请教有什么好的方法吗?我参考文献,只能把肠取出后,剪碎,然后滤去大碎片。
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weiyuanzheng

铜虫 (小有名气)

嘿嘿,查阅了一下文献,给自己补充一下知识回顾,宿主基因组是扩不出来细菌16s的,因为差别太大,所以污染的问题应该影响不大。。。
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2楼2015-09-12 10:22:09
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ypan

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖


西门吹雪170: 金币+1, 鼓励回帖交流 2015-09-28 22:51:50
肠道微生物的DNA获取最关键的步骤是把肠道微生物破碎,让DNA释放出来,市场上有专门针对此类特殊样品的试剂盒,粪便DNA提取试剂盒。qiagen、invitrogen、MP等都有此类试剂盒的
3楼2015-09-28 15:04:05
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品茗听雨0530

铁虫 (小有名气)

【答案】应助回帖


西门吹雪170: 金币+1, 鼓励回帖交流 2015-09-28 22:52:11
PCR是扩不出宿主的DNA的,因为原核生物的16S是核糖体,而真核生物的16S是线粒体,加上引物的特异性你就放心好了。
4楼2015-09-28 21:54:35
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匿名

用户注销 (小有名气)

本帖仅楼主可见
5楼2015-09-29 11:22:16
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weiyuanzheng

铜虫 (小有名气)

引用回帖:
3楼: Originally posted by ypan at 2015-09-28 15:04:05
肠道微生物的DNA获取最关键的步骤是把肠道微生物破碎,让DNA释放出来,市场上有专门针对此类特殊样品的试剂盒,粪便DNA提取试剂盒。qiagen、invitrogen、MP等都有此类试剂盒的

还想请教一下,1)肠道菌落可能既有格兰仕阳性菌,又有阴性菌,在第几步加溶菌酶比较好呢?2)普通的组织提取试剂盒效果怎么样?我提的是斑马鱼的,一般文献上都是直接剪碎后提取。
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6楼2015-11-17 11:55:08
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luyifeng

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

你好,请问下现在你是怎么提取斑马鱼肠道内容物的呢?因为我也想做肠道微生物分析
7楼2016-03-23 14:29:13
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余丽华

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
2楼: Originally posted by weiyuanzheng at 2015-09-12 10:22:09
嘿嘿,查阅了一下文献,给自己补充一下知识回顾,宿主基因组是扩不出来细菌16s的,因为差别太大,所以污染的问题应该影响不大。。。

楼主最后是如何提取肠道微生物基因组呢!我最近准备做提取蜘蛛肠道微生物基因组。求指教
8楼2017-12-22 21:13:35
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