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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 核酸提取 » 关于肠道细菌基因组的提取问题
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weiyuanzheng

铜虫 (小有名气)

[求助] 关于肠道细菌基因组的提取问题 已有4人参与

各位老师，师兄师姐好！小虫最近开始做肠道微生物的PCR-DGGE鉴定，有几个问题想请教一下：1.肠道微生物的取样很有可能会混有宿主肠组织，那么提取出的细菌基因组会污染宿主组织DNA吗？2.PCR时选用的细菌V3区设计通用引物，因为基因组不纯，会不会把宿主基因也扩出来？3.小虫用的是斑马鱼，鱼体太小，肠道内溶物很难取样，请教有什么好的方法吗？我参考文献，只能把肠取出后，剪碎，然后滤去大碎片。
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没有人生来洒脱，都总是在哭过以后才会感到轻松许多。
1楼 2015-09-12 10:07:19
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weiyuanzheng

铜虫 (小有名气)
嘿嘿，查阅了一下文献，给自己补充一下知识回顾，宿主基因组是扩不出来细菌16s的，因为差别太大，所以污染的问题应该影响不大。。。
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没有人生来洒脱，都总是在哭过以后才会感到轻松许多。
2楼2015-09-12 10:22:09
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ypan

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★
西门吹雪170: 金币+1, 鼓励回帖交流 2015-09-28 22:51:50
肠道微生物的DNA获取最关键的步骤是把肠道微生物破碎，让DNA释放出来，市场上有专门针对此类特殊样品的试剂盒，粪便DNA提取试剂盒。qiagen、invitrogen、MP等都有此类试剂盒的
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3楼2015-09-28 15:04:05
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品茗听雨0530

铁虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★
西门吹雪170: 金币+1, 鼓励回帖交流 2015-09-28 22:52:11
PCR是扩不出宿主的DNA的，因为原核生物的16S是核糖体，而真核生物的16S是线粒体，加上引物的特异性你就放心好了。
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4楼2015-09-28 21:54:35
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匿名

用户注销 (小有名气)
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5楼2015-09-29 11:22:16
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weiyuanzheng

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by ypan at 2015-09-28 15:04:05
肠道微生物的DNA获取最关键的步骤是把肠道微生物破碎，让DNA释放出来，市场上有专门针对此类特殊样品的试剂盒，粪便DNA提取试剂盒。qiagen、invitrogen、MP等都有此类试剂盒的

还想请教一下，1）肠道菌落可能既有格兰仕阳性菌，又有阴性菌，在第几步加溶菌酶比较好呢？2）普通的组织提取试剂盒效果怎么样？我提的是斑马鱼的，一般文献上都是直接剪碎后提取。
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没有人生来洒脱，都总是在哭过以后才会感到轻松许多。
6楼2015-11-17 11:55:08
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luyifeng

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

你好，请问下现在你是怎么提取斑马鱼肠道内容物的呢？因为我也想做肠道微生物分析
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7楼2016-03-23 14:29:13
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余丽华

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by weiyuanzheng at 2015-09-12 10:22:09
嘿嘿，查阅了一下文献，给自己补充一下知识回顾，宿主基因组是扩不出来细菌16s的，因为差别太大，所以污染的问题应该影响不大。。。

楼主最后是如何提取肠道微生物基因组呢！我最近准备做提取蜘蛛肠道微生物基因组。求指教
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8楼2017-12-22 21:13:35
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