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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » MS » 请问VMD读取的trr轨迹文件的时间间隔和什么有关系呢？
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白玉浴血

木虫 (正式写手)

[求助] 请问VMD读取的trr轨迹文件的时间间隔和什么有关系呢？ 已有1人参与

请问VMD读取的trr轨迹文件的时间间隔和什么有关系呢？
MD的.mdp文件中dt=0.02,nstxout=1000,总共运行了20ns，这样的情况怎么计算啊？
我的理解是这样的：每1000步提取一帧，然后每步的时间是0.02ps，所以应该是20ps提取一次，所以20ns应该有1000帧，不知道哪里出错啦，帮忙给分析一下吧。
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1楼 2015-09-09 15:23:59
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wzm9525

银虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
每1000步输出一次，每步0.02fs，是不是就对了。
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倔强不是好事情，可是我们如何分得清何为倔强何为执著
2楼2015-09-10 08:16:42
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白玉浴血

木虫 (正式写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by wzm9525 at 2015-09-10 08:16:42
每1000步输出一次，每步0.02fs，是不是就对了。

我的vmd在20ns输出了179帧
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3楼2015-09-10 08:39:19
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wzm9525

银虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by 白玉浴血 at 2015-09-10 08:39:19
我的vmd在20ns输出了179帧...

....好吧，，等其他大神吧。。
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倔强不是好事情，可是我们如何分得清何为倔强何为执著
4楼2015-09-10 08:53:16
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wzm9525

银虫 (小有名气)
会不会是trj轨迹文件分割了？
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倔强不是好事情，可是我们如何分得清何为倔强何为执著
5楼2015-09-10 08:55:11
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白玉浴血

木虫 (正式写手)
引用回帖:
5楼: Originally posted by wzm9525 at 2015-09-10 08:55:11
会不会是trj轨迹文件分割了？

不明白，这要怎么查看呢
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6楼2015-09-10 09:00:02
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wzm9525

银虫 (小有名气)
引用回帖:
6楼: Originally posted by 白玉浴血 at 2015-09-10 09:00:02
不明白，这要怎么查看呢...

你要没分就不用查了啊，，我之前都是嫌太大，给手动分了分，才会有帧数减少的情况，，可别误导了。
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倔强不是好事情，可是我们如何分得清何为倔强何为执著
7楼2015-09-10 09:01:54
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白玉浴血

木虫 (正式写手)
引用回帖:
7楼: Originally posted by wzm9525 at 2015-09-10 09:01:54
你要没分就不用查了啊，，我之前都是嫌太大，给手动分了分，才会有帧数减少的情况，，可别误导了。...

噢，我就是按照普通的进行的，真是有点乱啊
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8楼2015-09-10 09:40:27
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