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北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
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白玉浴血

木虫 (正式写手)

[求助] 请问VMD读取的trr轨迹文件的时间间隔和什么有关系呢? 已有1人参与

请问VMD读取的trr轨迹文件的时间间隔和什么有关系呢?
MD的.mdp文件中dt=0.02,nstxout=1000,总共运行了20ns,这样的情况怎么计算啊?
我的理解是这样的:每1000步提取一帧,然后每步的时间是0.02ps,所以应该是20ps提取一次,所以20ns应该有1000帧,不知道哪里出错啦,帮忙给分析一下吧。
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白玉浴血

木虫 (正式写手)

引用回帖:
5楼: Originally posted by wzm9525 at 2015-09-10 08:55:11
会不会是trj轨迹文件分割了?

不明白,这要怎么查看呢
6楼2015-09-10 09:00:02
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wzm9525

银虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
每1000步输出一次,每步0.02fs,是不是就对了。
倔强不是好事情,可是我们如何分得清何为倔强何为执著
2楼2015-09-10 08:16:42
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白玉浴血

木虫 (正式写手)

引用回帖:
2楼: Originally posted by wzm9525 at 2015-09-10 08:16:42
每1000步输出一次,每步0.02fs,是不是就对了。

我的vmd在20ns输出了179帧
3楼2015-09-10 08:39:19
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wzm9525

银虫 (小有名气)

引用回帖:
3楼: Originally posted by 白玉浴血 at 2015-09-10 08:39:19
我的vmd在20ns输出了179帧...

....好吧,,等其他大神吧。。
倔强不是好事情,可是我们如何分得清何为倔强何为执著
4楼2015-09-10 08:53:16
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