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zhangy1027

新虫 (正式写手)

[求助] 怎样知道基因的启动子序列 已有2人参与

我想做一个基因调控human IL17A 的基因转录,在NCBI 上搜索,网页如下:http://www.ncbi.nlm.nih.gov/nucc ... amp;amp;to=52190638,其mRNA            join(1..72,1217..1419,2669..4252),从第一位就是外显子区了,那它的启动子区在哪?
请教各位大神,这个怎么查它的启动子?
谢谢!
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zhangy1027

新虫 (正式写手)

引用回帖:
10楼: Originally posted by 976592787 at 2015-08-30 17:55:01
具体的道理也很简单,DNA有两条链正义链和反义链,编码某一基因的正义链可能是编码另一基因的反义链。NCBI上可能按大多数基因的正义链编的序号,某些基因在另外一条链上同样可以按照5‘——3’编码蛋白,并 ...

原来如此,那我要是找这个基因的启动子,是从编号小的前面找,还是在编号打的后面找?
11楼2015-08-30 18:15:39
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976592787

木虫 (正式写手)

国家自然科学基金委员会委员长

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
西门吹雪170: 金币+4, 鼓励回帖交流 2015-08-30 23:05:42
zhangy1027: 金币+40, ★★★★★最佳答案, 终于搞明白了 2015-08-31 08:11:14
启动子一般是指全基因序列上游1000bp的序列,操作如下:选择Gene,输入基因名称——选择人源Human的基因——点击页面上Genomic regions右侧的FASTA文本——得到一段完整的基因序列,右侧有可选区域fromXXXXXtoYYYYY再把其改为fromXXXXX-1000toXXXXX
注意:基因上游有时候会在YYYYY+1000处,因为该基因与NCBI序号编码的方向相反,基因页面有个深颜色的红箭头,要注意观察哦

这是我研究几个月,使用近半年的经验,希望采纳,谢谢!

发自小木虫Android客户端
耻与众草之为伍,何亭亭而独芳!何不为人之所赏兮,深山穷谷委严霜。
2楼2015-08-30 15:22:24
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976592787

木虫 (正式写手)

国家自然科学基金委员会委员长

【答案】应助回帖

★ ★
西门吹雪170: 金币+2, 鼓励回帖交流 2015-08-30 23:05:55
我还是把结果copy给你吧,望采纳!这是原网页http://www.ncbi.nlm.nih.gov/nucc ... amp;amp;to=52190638
CCCCCCGAGTTAGCATGTAGAATATGGGATACCAGCTGAGTGCCTGAGAGTTATCATTCACCTCAGTGGGGGTAGGGGCGGAGAAGGGTGACATATAGCCAGCCACATCTATATCCACTGGCCCTTCCTTGTCCTAGTCCTCTGTATTCCTGAGAAGGAACTATTCTCAAGGACCTGAGTCCAAGTTCATCTTACTTAGAGTACAGAGAAAAGAACCGCTAACTCCTTCTCTCTTTCCCCCATCATGTCTCCTCTCCTTTCTAGTTCTCATCACTCTCTACTCCCCCCTGCCCCCCTTTTCTCCATCTCCATCACCTTTGTCCAGTCTCTATCCCCATTTTCAATTCCTTCCTCAAAACACCAAGTTGCTTGGTAGCATGCAGGGTTGGAACATGCCTTTAACAGAAAATCTCGTGTCTCTTGAACCTAGTTATTTATTCCTTGAGCAGAGTAGATATTCAACAAAAGAATTGTTAAATTCAATTAAATAGGATATATCTTATTATTAAATATTTTTTTCATTTTTTGTTTACTTATATGATGGGAACTTGAGTAGTTTCCGGAATTGTCTCCACAACACCTGGCCAAGGAATCTGTGAGGAAAAGAAAGATCAAATGGAAAATCAAGGTACATGACACCAGAAGACCTACATGTTACTTCAAACTTTTTCTTCCTCATGAACCATTAAAATAGAGCATAACTCTTCTGGCAGCTGTACATATGTTCATAAATACATGATATTGACCCATAGCATAGCAGCTCTGCTCAGCTTCTAACAAGTAAGAATGAAAAGAGGACATGGTCTTTAGGAACATGAATTTCTGCCCTTCCCATTTTCCTTCAGAAGGAGAGATTCTTCTATGACCTCATTGGGGGCGGAAATTTTAACCAAAATGGTGTCACCCCTGAACCCACTGCGACACGCCACGTAAGTGACCACAGAAGGAGAAAAGCCCTATAAAAAGAGAGACGATAGCGCTACATTTTGTCCATCTCATAG
耻与众草之为伍,何亭亭而独芳!何不为人之所赏兮,深山穷谷委严霜。
3楼2015-08-30 15:28:51
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stone2239

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
西门吹雪170: 金币+2, 鼓励回帖交流 2015-08-30 23:06:09
zhangy1027: 金币+10, ★★★很有帮助, 明白了,谢谢 2015-08-31 08:11:36
一般基因启动子位于该基因编码区上游2000bp内,在你打开的界面右上角有个选择范围的输入框,在里面输入基因上游2000bp范围即可,即从52186185到52186385,。
4楼2015-08-30 16:09:35
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