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yylcx

金虫 (正式写手)

[求助] 配体分子的拓扑文件的制作 已有1人参与

各位虫友好,我想知道大家怎么样得到一些配体小分子的拓扑文件,比如说多巴胺分子之类的药物小分子。我用的CHARMM力场,NAMD。之前有在文献里看到说一些配体小分子的拓扑文件来源于VEGAZZ,这个软件 之前没有接触过,有会用的指导一下吗?
跪求大家帮助啊
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yylcx

金虫 (正式写手)

引用回帖:
9楼: Originally posted by 125442548 at 2015-12-23 16:34:42
同问,我现在也困在这里了,还有就是SwissParam可以在线生成psf文件,但是是charmm格式的,vmd和namd都没法直接用,vmd和namd需要的是xplor格式的,我从网上找到了别人用Python写的两种格式转化的程序,然而怎么改都 ...

推荐软件VEGAZZ,可以生成xplor格式的PSF文件的
10楼2015-12-26 11:50:34
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普通回帖

yylcx

金虫 (正式写手)

木有人过来帮忙嘛
2楼2015-08-29 13:51:18
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fantasy19841003

木虫 (小有名气)


【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
我最近也在做,一样不太明白

发自小木虫Android客户端
3楼2015-08-29 14:05:32
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yylcx

金虫 (正式写手)

引用回帖:
3楼: Originally posted by fantasy19841003 at 2015-08-29 14:05:32
我最近也在做,一样不太明白

恩恩,真心头大~~~
4楼2015-08-29 14:06:14
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fantasy19841003

木虫 (小有名气)


【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
yylcx: 金币+5, ★★★很有帮助 2015-08-29 15:09:37
有一个genff的力场,里面有很多小分子的,也是charmm的,你可以找一找!

发自小木虫Android客户端
5楼2015-08-29 14:08:13
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yylcx

金虫 (正式写手)

再顶一下吧,希望有会用VAGEZZ的人过来帮帮忙~~~
6楼2015-09-12 14:31:15
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patent

至尊木虫 (正式写手)

7楼2015-11-09 18:44:01
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赵红霞

铁杆木虫 (著名写手)

请问楼主解决了吗?如何生成非蛋白体系的psf文件呢?
8楼2015-12-21 20:24:40
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125442548

铁虫 (初入文坛)

同问,我现在也困在这里了,还有就是SwissParam可以在线生成psf文件,但是是charmm格式的,vmd和namd都没法直接用,vmd和namd需要的是xplor格式的,我从网上找到了别人用Python写的两种格式转化的程序,然而怎么改都用不了
9楼2015-12-23 16:34:42
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