应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 配体分子的拓扑文件的制作
北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
51/1返回列表
查看: 2044  |  回复: 14
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看
当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖

yylcx

金虫 (正式写手)

[求助] 配体分子的拓扑文件的制作 已有1人参与

各位虫友好，我想知道大家怎么样得到一些配体小分子的拓扑文件，比如说多巴胺分子之类的药物小分子。我用的CHARMM力场，NAMD。之前有在文献里看到说一些配体小分子的拓扑文件来源于VEGAZZ，这个软件 之前没有接触过，有会用的指导一下吗？
跪求大家帮助啊
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)
1楼 2015-08-28 21:37:37
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

yylcx

金虫 (正式写手)
引用回帖:
9楼: Originally posted by 125442548 at 2015-12-23 16:34:42
同问，我现在也困在这里了，还有就是SwissParam可以在线生成psf文件，但是是charmm格式的，vmd和namd都没法直接用，vmd和namd需要的是xplor格式的，我从网上找到了别人用Python写的两种格式转化的程序，然而怎么改都 ...

推荐软件VEGAZZ，可以生成xplor格式的ＰＳＦ文件的
赞一下(1人) 回复此楼
10楼2015-12-26 11:50:34
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 15 个回答

yylcx

金虫 (正式写手)
木有人过来帮忙嘛
赞一下 回复此楼
2楼2015-08-29 13:51:18
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

fantasy19841003

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
我最近也在做，一样不太明白

发自小木虫Android客户端
赞一下 回复此楼
3楼2015-08-29 14:05:32
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

yylcx

金虫 (正式写手)
引用回帖:
3楼: Originally posted by fantasy19841003 at 2015-08-29 14:05:32
我最近也在做，一样不太明白

恩恩，真心头大~~~
赞一下 回复此楼
4楼2015-08-29 14:06:14
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 15 个回答
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 生物考研337分求调剂 +3 cgxin 2026-03-30 4/200 2026-03-30 23:00 by Evan_Liu
[考研] 一志愿中海洋材料357 +3 麦恩莉. 2026-03-30 3/150 2026-03-30 21:01 by chixmc
[考研] 材料工程专硕求调剂 +8 hyl3153942 2026-03-29 8/400 2026-03-30 20:45 by dophin1985
[考研] 297求调剂 +17 田洪有 2026-03-26 18/900 2026-03-30 18:32 by nothing投稿中
[考研] 化学308分调剂 +7 你好明天你好 2026-03-30 8/400 2026-03-30 13:02 by 你好明天你好
[考研] 318求调剂 +7 陈晨79 2026-03-30 7/350 2026-03-30 10:49 by 探123
[考研] 总分293求调剂 +8 加一一九 2026-03-25 11/550 2026-03-29 19:53 by 无际的草原
[考研] 329求调剂 +10 钮恩雪 2026-03-25 10/500 2026-03-29 13:32 by peike
[考研] 调剂求院校招收 +6 鹤鲸鸽 2026-03-28 6/300 2026-03-29 08:15 by fmesaito
[考研] 本科新能源科学与工程，一志愿华理能动285求调剂 +3 AZMK 2026-03-27 5/250 2026-03-28 16:19 by xxxsssccc
[考研] 085405 考的11408求各位老师带走 +3 Qiu学ing 2026-03-28 3/150 2026-03-28 09:19 by 乐呵呵的追梦人
[考研] 086502化学工程342求调剂 +6 阿姨复古不过 2026-03-27 6/300 2026-03-28 07:06 by wangy0907
[考研] 266分求材料化工冶金矿业等专业的调剂 +4 哇呼哼呼哼 2026-03-26 4/200 2026-03-27 17:02 by zhyzzh
[考博] 26申博 +3 加油冲啊！ 2026-03-26 3/150 2026-03-27 15:38 by cls512
[考研] 复试调剂，一志愿南农083200食品科学与工程 +5 XQTJZ 2026-03-26 5/250 2026-03-27 14:49 by 狂炫麦当当
[考研] 305求调剂 +5 哇卢卡库 2026-03-26 5/250 2026-03-27 14:01 by laoshidan
[考研] 中国科学院深圳先进技术研究院-光纤传感课题组招生-中国科学院大学、深圳理工大学联培 +5 YangTyu1 2026-03-26 5/250 2026-03-26 18:27 by 猫咪猫咪呀
[考研] 各位老师您好：本人初试372分 +5 jj涌77 2026-03-25 6/300 2026-03-25 14:15 by mapenggao
[考研] 277分求调剂，跨调材料 +3 考研调剂lxh 2026-03-24 3/150 2026-03-24 13:52 by JourneyLucky
[考研] 085404电子信息284分求调剂 +4 13659058978 2026-03-24 4/200 2026-03-24 12:15 by syl20081243
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭