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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 配体分子的拓扑文件的制作
北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
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yylcx

金虫 (正式写手)

[求助] 配体分子的拓扑文件的制作 已有1人参与

各位虫友好，我想知道大家怎么样得到一些配体小分子的拓扑文件，比如说多巴胺分子之类的药物小分子。我用的CHARMM力场，NAMD。之前有在文献里看到说一些配体小分子的拓扑文件来源于VEGAZZ，这个软件 之前没有接触过，有会用的指导一下吗？
跪求大家帮助啊
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1楼 2015-08-28 21:37:37
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yylcx

金虫 (正式写手)
引用回帖:
9楼: Originally posted by 125442548 at 2015-12-23 16:34:42
同问，我现在也困在这里了，还有就是SwissParam可以在线生成psf文件，但是是charmm格式的，vmd和namd都没法直接用，vmd和namd需要的是xplor格式的，我从网上找到了别人用Python写的两种格式转化的程序，然而怎么改都 ...

推荐软件VEGAZZ，可以生成xplor格式的ＰＳＦ文件的
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10楼2015-12-26 11:50:34
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普通回帖

yylcx

金虫 (正式写手)
木有人过来帮忙嘛
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2楼2015-08-29 13:51:18
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fantasy19841003

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
我最近也在做，一样不太明白

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3楼2015-08-29 14:05:32
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yylcx

金虫 (正式写手)
引用回帖:
3楼: Originally posted by fantasy19841003 at 2015-08-29 14:05:32
我最近也在做，一样不太明白

恩恩，真心头大~~~
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4楼2015-08-29 14:06:14
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fantasy19841003

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
yylcx: 金币+5, ★★★很有帮助 2015-08-29 15:09:37
有一个genff的力场，里面有很多小分子的，也是charmm的，你可以找一找！

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5楼2015-08-29 14:08:13
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yylcx

金虫 (正式写手)
再顶一下吧，希望有会用ＶＡＧＥＺＺ的人过来帮帮忙～～～
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6楼2015-09-12 14:31:15
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patent

至尊木虫 (正式写手)
同问
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7楼2015-11-09 18:44:01
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赵红霞

铁杆木虫 (著名写手)
请问楼主解决了吗？如何生成非蛋白体系的psf文件呢？
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8楼2015-12-21 20:24:40
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125442548

铁虫 (初入文坛)
同问，我现在也困在这里了，还有就是SwissParam可以在线生成psf文件，但是是charmm格式的，vmd和namd都没法直接用，vmd和namd需要的是xplor格式的，我从网上找到了别人用Python写的两种格式转化的程序，然而怎么改都用不了
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9楼2015-12-23 16:34:42
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