| 查看: 1656 | 回复: 5 | ||
赵红霞铁杆木虫 (著名写手)
|
[求助]
求VMD脚本 计算轨迹文件的溶剂可及表面sasa 已有1人参与
|
|
我的体系包含polymer和solvent，我需要计算polymer的溶剂可及表面，搜到的一些命令，如： set all [atomselect top "all"] set some [atomselect top "resid 1 to 5"] measure sasa 1.4 $all -restrict $some 是可以计算一帧的sasa，但是我要计算轨迹文件的sasa随模拟时间的变化，也就是把每一帧的sasa都输出，求脚本。 |
回复此楼» 猜你喜欢
化工学硕294分，求导师收留
已经有29人回复
-
求调剂
已经有10人回复
-
考研求调剂
已经有13人回复
-
求调剂
已经有3人回复
-
人工智能320调剂08工类还有机会吗
已经有17人回复
-
考研英一数一338分
已经有10人回复
-
求助调剂，跨调
已经有15人回复
-
085600材料与化工329分求调剂
已经有20人回复
-
085600材料与化工349分求调剂
已经有15人回复
-
求调剂
已经有13人回复
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- VMD 中调用脚本出现 domain error 的问题怎么解决？
已经有2人回复
- gromac跑完动力学以后，用VMD计算每一帧构象的溶剂可及表面积，求TCL脚本
已经有0人回复
- 使用AdNDP方法以及ELF/LOL、多中心键级研究多中心键
已经有14人回复
声梦奇缘001
木虫 (正式写手)
- 应助: 56 (初中生)
- 金币: 5597.4
- 红花: 5
- 帖子: 614
- 在线: 218.7小时
- 虫号: 2406187
- 注册: 2013-04-07
- 专业: 化学工程及工业化学
2楼2015-08-26 18:09:16
|
去 |
3楼2015-08-26 19:07:50
声梦奇缘001
木虫 (正式写手)
- 应助: 56 (初中生)
- 金币: 5597.4
- 红花: 5
- 帖子: 614
- 在线: 218.7小时
- 虫号: 2406187
- 注册: 2013-04-07
- 专业: 化学工程及工业化学
4楼2015-08-26 19:52:37
声梦奇缘001
木虫 (正式写手)
- 应助: 56 (初中生)
- 金币: 5597.4
- 红花: 5
- 帖子: 614
- 在线: 218.7小时
- 虫号: 2406187
- 注册: 2013-04-07
- 专业: 化学工程及工业化学
【答案】应助回帖
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
赵红霞: 金币+30, ★★★★★最佳答案, good 2015-08-27 09:13:03
赵红霞: 金币+30, ★★★★★最佳答案, good 2015-08-27 09:13:03
|
set numframe [molinfo top get numframes] set out [open zhx.txt w] for {set i 0 } {$i<numframe} {incr i} { set some [atomselect top "resid 1 to 5"] set zhx [ measure sasa 1.4 $all -restrict $some] $some frame $i $zhx frame $i $zhx update $some update puts $out $zhx } close $out |
5楼2015-08-26 19:56:57
lao7
金虫 (正式写手)
- 应助: 22 (小学生)
- 金币: 1305.3
- 散金: 30
- 红花: 5
- 帖子: 787
- 在线: 176.6小时
- 虫号: 1041612
- 注册: 2010-06-14
- 性别: MM
- 专业: 电磁场与电路
6楼2020-01-14 16:39:12
