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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » LAMMPS/DL_POLY » 求VMD脚本 计算轨迹文件的溶剂可及表面sasa
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赵红霞

铁杆木虫 (著名写手)

[求助] 求VMD脚本 计算轨迹文件的溶剂可及表面sasa 已有1人参与

我的体系包含polymer和solvent，我需要计算polymer的溶剂可及表面，搜到的一些命令，如：
set all [atomselect top "all"]
set some [atomselect top "resid 1 to 5"]
measure sasa 1.4 $all -restrict $some
是可以计算一帧的sasa，但是我要计算轨迹文件的sasa随模拟时间的变化，也就是把每一帧的sasa都输出，求脚本。
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1楼 2015-08-26 16:49:37
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声梦奇缘001

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
VMD 的measure 命令可以实现这个功能，具体的可以参考 VMD 手册
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只做不说，明知没地位，坚信有机会
2楼2015-08-26 18:09:16
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赵红霞

铁杆木虫 (著名写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by 声梦奇缘001 at 2015-08-26 18:09:16
VMD 的measure 命令可以实现这个功能，具体的可以参考 VMD 手册

去
3楼2015-08-26 19:07:50
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声梦奇缘001

木虫 (正式写手)
红姐说..................
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只做不说，明知没地位，坚信有机会
4楼2015-08-26 19:52:37
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声梦奇缘001

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
赵红霞: 金币+30, ★★★★★最佳答案, good 2015-08-27 09:13:03
set numframe [molinfo top get numframes]
set out [open zhx.txt w]
for {set i 0 } {$i<numframe} {incr i} {
  set some [atomselect top "resid 1 to 5"]
  set zhx [ measure sasa 1.4 $all -restrict $some]
  $some frame $i
  $zhx frame $i
  $zhx update
  $some update
  puts $out $zhx
}
close $out
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只做不说，明知没地位，坚信有机会
5楼2015-08-26 19:56:57
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lao7

金虫 (正式写手)
引用回帖:
5楼: Originally posted by 声梦奇缘001 at 2015-08-26 19:56:57
set numframe
set out
for {set i 0 } {$i&lt;numframe} {incr i} {
  set some  
  set zhx
  $some frame $i
  $zhx frame $i
  $zhx update
  $some update
  puts $out $zhx
}
close $out...

运行起来总是报错，肯定是某些语句错误 但找不到原因
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6楼2020-01-14 16:39:12
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