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赵红霞铁杆木虫 (著名写手)
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求VMD脚本 计算轨迹文件的溶剂可及表面sasa 已有1人参与
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我的体系包含polymer和solvent，我需要计算polymer的溶剂可及表面，搜到的一些命令，如： set all [atomselect top "all"] set some [atomselect top "resid 1 to 5"] measure sasa 1.4 $all -restrict $some 是可以计算一帧的sasa，但是我要计算轨迹文件的sasa随模拟时间的变化，也就是把每一帧的sasa都输出，求脚本。 |
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【答案】应助回帖
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set numframe [molinfo top get numframes] set out [open zhx.txt w] for {set i 0 } {$i<numframe} {incr i} { set some [atomselect top "resid 1 to 5"] set zhx [ measure sasa 1.4 $all -restrict $some] $some frame $i $zhx frame $i $zhx update $some update puts $out $zhx } close $out |
5楼2015-08-26 19:56:57
lao7
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