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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » MS » 动力学跑出这样的结构，是什么原因啊？
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lkd-syl

金虫 (著名写手)

[求助] 动力学跑出这样的结构，是什么原因啊？ 已有1人参与

RT，跑铁的超胞动力学出来一个这样的结果，感觉是错了，请各位大神分析一下是什么原因，不胜感激，，，
   输入参数：
md conp conse qok nomod pres spat pot efg
ensemble npt
tau_thermostat  0.1 ps
tau_barostat  0.1 ps

temperature 1500.000000 K
pressure 0.000101 GPa

equilibration 10 ps
timestep 2 fs
production 50 ps
write 100
sample 100


title
GULP calculation from Materials Studio for Fe9826
end


cell
48.728800 48.728800 48.728800 90.000000 90.000000 90.000000

fractional
Fe1 core 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.0 1 1 1
Fe1 core 0.029412 0.029412 0.029412 0.000000 1.000000 0.0 1 1 1

输入的结果以几张附图所示，，，

动力学跑出这样的结构，是什么原因啊？
结构.jpg


动力学跑出这样的结构，是什么原因啊？-1
constant of motion.jpg


动力学跑出这样的结构，是什么原因啊？-2
pressure.jpg


动力学跑出这样的结构，是什么原因啊？-3
temperature.jpg
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Nothing impossible, anything impossible！！
1楼 2015-08-26 16:39:13
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lkd-syl

金虫 (著名写手)
引用回帖:
4楼: Originally posted by pigrass at 2015-08-26 15:12:34
周期性结构没有整体移动的说法，你以为原子“移动到外面"了，可是你把display style设置成incell，你还能看得出移动吗，可能只是显示问题罢了。除非你看到原先松散排列的都团聚到一起，那才是真的移动

平衡 ...

恩，原来我也是感觉看着不舒服而已，我再调整一下试试，，，，
赞一下 回复此楼
Nothing impossible, anything impossible！！
7楼2015-08-27 19:30:38
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pigrass

专家顾问 (著名写手)

伊卡斯特的小猪
50ps后npt系综的温度还有这么大的波动，说明结构还不稳定
如果是觉得原子在盒子“外”比较奇怪，右键display style里改in-cell
赞一下 回复此楼
#有问题发论坛，不接受私聊#爱晶体，爱MaterialsStudio#MS专辑点击右边#http://emuch.net/taotie/41673.html#物性数据#http://webbook.nist.gov/chemistry/#
2楼2015-08-27 08:39:06
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lkd-syl

金虫 (著名写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by pigrass at 2015-08-26 12:39:06
50ps后npt系综的温度还有这么大的波动，说明结构还不稳定
如果是觉得原子在盒子“外”比较奇怪，右键display style里改in-cell

结构不稳定是因为在这个原子数下50ps的时间不够吗？  另外原来“盒子”内的原子跑完动力学后成为这样，感觉像是整体的移动，这是不是说明已经有比较大的问题了呀？
赞一下 回复此楼
Nothing impossible, anything impossible！！
3楼2015-08-27 09:47:02
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pigrass

专家顾问 (著名写手)

伊卡斯特的小猪
引用回帖:
3楼: Originally posted by lkd-syl at 2015-08-27 09:47:02
结构不稳定是因为在这个原子数下50ps的时间不够吗？  另外原来“盒子”内的原子跑完动力学后成为这样，感觉像是整体的移动，这是不是说明已经有比较大的问题了呀？...

周期性结构没有整体移动的说法，你以为原子“移动到外面"了，可是你把display style设置成incell，你还能看得出移动吗，可能只是显示问题罢了。除非你看到原先松散排列的都团聚到一起，那才是真的移动

平衡的方法建议找找文献，看看别人用的什么势函数，用的什么系综，另外，原子多的话平衡时间肯定长
赞一下 回复此楼
#有问题发论坛，不接受私聊#爱晶体，爱MaterialsStudio#MS专辑点击右边#http://emuch.net/taotie/41673.html#物性数据#http://webbook.nist.gov/chemistry/#
4楼2015-08-27 11:12:34
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