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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » amber跑出结果的结合自由能为正值，怎么破？
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高桥FC

新虫 (初入文坛)

[交流] amber跑出结果的结合自由能为正值，怎么破？

amber进行蛋白质和小分子的动力学模拟运算，RMSD后期已趋平稳，温度 密度 势能的监控都很正常，
但是各项能量均为正值，都是正零点几的样子，总结合能正一点几，用PBSA和GBSA两种，结果都差不多。
这是什么原因导致的呢？是复合物结合系统本身的问题吗？求助
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1楼 2015-08-26 16:33:44
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应化43

金虫 (小有名气)
★
高桥FC(金币+1): 谢谢参与
😊

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2楼2015-08-26 16:43:36
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匿名
★
高桥FC(金币+1): 谢谢参与
本帖仅楼主可见
3楼2015-08-26 16:49:08
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liucheng883
★
高桥FC(金币+1): 谢谢参与
4楼2015-08-26 16:57:31
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dmbb
★
高桥FC(金币+1): 谢谢参与
5楼2015-08-26 16:57:34
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foxs2
★
高桥FC(金币+1): 谢谢参与
祝福
6楼2015-08-26 16:58:05
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slytjiaofei
★
高桥FC(金币+1): 谢谢参与
7楼2015-08-26 17:00:29
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jixiangbao
★
高桥FC(金币+1): 谢谢参与
8楼2015-08-26 17:01:58
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lijiyan3
9楼2015-08-26 17:08:17
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specialcuipf
10楼2015-08-26 17:22:15
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