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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 材料区 » 晶体 » 文献解析 » 请高手帮忙看我用diamond画的晶胞哪儿出了问题？
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daxu

铁杆木虫 (正式写手)

[交流] 请高手帮忙看我用diamond画的晶胞哪儿出了问题？

我自己直接把cif导入diamond，可画出来的和gujm516 网友画出来的就是不一样，不知道哪儿出了问题，请各位多多指教
附件1是我自己画的
附件2是gujm516 画的
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much to learn
1楼 2008-08-21 22:58:23
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crystalsnet

新虫 (正式写手)
您是说您的晶胞外框不一样
还是说晶胞里的内容不一样？
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2楼2008-08-22 08:54:47
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daxu

铁杆木虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by crystalsnet at 2008-8-22 08:54:
您是说您的晶胞外框不一样
还是说晶胞里的内容不一样？

我是说晶胞内容不一样,不是说键的形式和四面体什么的,光看钾就知道了,我画出来的钾原子只有上下底面有,而网友画出来的中间也有,所以自己也搞不清问题出在哪儿了
这是所需要的cif文件http://www.namipan.com/d/icsd353 ... 2ea6e1f5597990a0000
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much to learn
3楼2008-08-22 09:27:44
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crystalsnet

新虫 (正式写手)
好像是不太一样，我和您得到的是一样的
您确定是这个文件吗？
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4楼2008-08-22 09:56:52
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daxu

铁杆木虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by crystalsnet at 2008-8-22 09:56:
好像是不太一样，我和您得到的是一样的
您确定是这个文件吗？

是这个文件,不知道人家是怎么画的
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5楼2008-08-22 10:04:05
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gujm516

金虫 (小有名气)
我用的是第一个CIF，这个文件里语句上（次要地方）有一些问题，所以其他虫子才会说打不开。
      调用CIF时一直是默认，直到选择晶胞边长时才输入0-1，0-1，-0.2-1.2，完成。
      然后定义多面体，删除 K—O键，删除了几个晶胞外面的原子，完成。
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6楼2008-08-22 16:41:02
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daxu

铁杆木虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by gujm516 at 2008-8-22 16:41:
我用的是第一个CIF，这个文件里语句上（次要地方）有一些问题，所以其他虫子才会说打不开。
      调用CIF时一直是默认，直到选择晶胞边长时才输入0-1，0-1，-0.2-1.2，完成。
      然后定义多面体，删除 K—O ...

噢,谢谢
我分别采用diamond菜单中structure下的space-group中的P-1(2)和其下的F-1(2)画出的图明显不同,不知道这是怎么回事,为了说明现附图如下
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7楼2008-08-22 17:37:35
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gujm516

金虫 (小有名气)
ICDS35335已经明确告知该空间群是一个伴有a,b方向滑移的素晶胞。
读入CIF时程序根据晶胞参数已自动确定空间群，不知为什么你还要再去选。
我把原先从你第一贴里下载的CIF传上，你把它复制到记事本里再试试。

data_35335-ICSD
#?2005 by Fachinformationszentrum Karlsruhe, and the U.S. Secretary of
#Commerce on behalf of the United States.  All rights reserved.
_database_code_ICSD                35335
_audit_creation_date               1980/01/01
_audit_update_record               1998/06/29
_chemical_name_systematic          'Potassium Tecto-alumotrisilicate'
_chemical_formula_structural       'K (Al Si3 O8)'
_chemical_formula_sum              'Al1 K1 O8 Si3'
_chemical_name_mineral             Microcline
_publ_section_title
;
The crystal structure of maximum microcline
;
loop_
_publ_author_name                  'Brown, B.E.'
_cell_length_a                     8.573(4)
_cell_length_b                     12.983(7)
_cell_length_c                     7.220(3)
_cell_angle_alpha                  90.65(8)
_cell_angle_beta                   115.83(8)
_cell_angle_gamma                  87.70(8)
_cell_volume                       722.72
_cell_formula_units_Z              4
_symmetry_space_group_name_H-M     'C -1'
_symmetry_Int_Tables_number        2
_refine_ls_R_factor_all            .104
loop_
_symmetry_equiv_pos_site_id
_symmetry_equiv_pos_as_xyz
  1        '-x, -y, -z'
  2        'x, y, z'
  3        '-x+.5, -y+.5, -z'
  4        'x+.5, y+.5, z'
loop_
_atom_type_symbol
_atom_type_oxidation_number
Al3+          3
K1+           1
O2-           -2
Si4+          4
loop_
_atom_site_label
_atom_site_type_symbol
_atom_site_symmetry_multiplicity
_atom_site_Wyckoff_symbol
_atom_site_fract_x
_atom_site_fract_y
_atom_site_fract_z
_atom_site_occupancy
_atom_site_attached_hydrogens
_atom_site_B_iso_or_equiv
K1 K1+ 4 i 0.7173 0.0072 0.8635 1. 0 0
Si1 Si4+ 4 i 0.0104 0.1875 0.2169 0.05 0 0.693
Si2 Si4+ 4 i 0.9903 0.1802 0.7673 0.97 0 0.351
Si3 Si4+ 4 i 0.711 0.1202 0.3309 0.99 0 0.341
Si4 Si4+ 4 i 0.2941 0.1144 0.6493 0.99 0 0.313
Al1 Al3+ 4 i 0.0104 0.1875 0.2169 0.95 0 0.693
Al2 Al3+ 4 i 0.9903 0.1802 0.7673 0.03 0 0.351
Al3 Al3+ 4 i 0.711 0.1202 0.3309 0.01 0 0.341
Al4 Al3+ 4 i 0.2941 0.1144 0.6493 0.01 0 0.313
O1 O2- 4 i 0.0007 0.1448 0.9831 1. 0 0.759
O2 O2- 4 i 0.6366 0.0058 0.2853 1. 0 0.667
O3 O2- 4 i 0.8202 0.1476 0.2205 1. 0 1.03
O4 O2- 4 i 0.1684 0.143 0.7584 1. 0 1.02
O5 O2- 4 i 0.0352 0.3203 0.2514 1. 0 0.77
O6 O2- 4 i 0.9634 0.3047 0.7311 1. 0 0.736
O7 O2- 4 i 0.1911 0.1229 0.4053 1. 0 0.973
O8 O2- 4 i 0.8247 0.1258 0.5873 1. 0 0.933

#End of data_35335-ICSD
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8楼2008-08-22 18:34:01
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daxu

铁杆木虫 (正式写手)
谢谢楼上的答复
不是我再选，是我把cif自动导入diamond的时候就画成我在7楼的第二个图，并且此时diamond默认的是空间群P-1（2），就是7楼里附图1所示的那个蓝色背底的群，所以我才请教找原因。而且我也比较奇怪为什么您画出的就是和我的不一样，后来有网友告诉我说是ICSD导出的cif文件diamond不认C-1群号，我把它改成C1-了，导入diamond重新画，如下图，可是还是和您画的不一样，最明显的就是K原子，我的明显少

[ Last edited by daxu on 2008-8-22 at 22:56 ]
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9楼2008-08-22 22:08:36
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xi2004

至尊木虫 (职业作家)
这个ICSD导出的CIF明显有问题, 其所给的空间群是P-1, 但所给的对称操作和坐标都是C2/m的.
我在MAterial Studio中直接导入CIF是也是同样的得到dxu得到的.

不知道楼主为何要用35335的数据.

我用10270的数据得到的就是正确的.
其ICSD输出的CIF数据如下.

data_10270-ICSD
#?2008 by Fachinformationszentrum Karlsruhe, and the U.S. Secretary of
#Commerce on behalf of the United States.  All rights reserved.
_database_code_ICSD                10270
_audit_creation_date               1980/01/01
_audit_update_record               2005/10/01
_chemical_name_systematic          'Potassium Tecto-alumotrisilicate'
_chemical_formula_structural       'K (Al Si3 O8)'
_chemical_formula_sum              'Al1 K1 O8 Si3'
_chemical_name_mineral             Orthoclase
_publ_section_title
;
Neutron diffraction refinement of an ordered orthoclase structure
;
loop_
_citation_id
_citation_journal_abbrev
_citation_year
_citation_journal_volume
_citation_page_first
_citation_page_last
_citation_journal_id_ASTM
primary 'American Mineralogist' 1973 58 500 507 AMMIAY
2 'Acta Crystallographica (1,1948-23,1967)' 1961 14 443 456 ACCRA9
_publ_author_name                  'Prince, E.;Donnay, G.;Martin, R.F.'
_cell_length_a                     8.5632(11)
_cell_length_b                     12.963(14)
_cell_length_c                     7.2099(11)
_cell_angle_alpha                  90.
_cell_angle_beta                   116.073(9)
_cell_angle_gamma                  90.
_cell_volume                       718.89
_cell_formula_units_Z              4
_symmetry_space_group_name_H-M     'C 1 2/m 1'
_symmetry_Int_Tables_number        12
_refine_ls_R_factor_all            .031
loop_
_symmetry_equiv_pos_site_id
_symmetry_equiv_pos_as_xyz
  1        '-x, y, -z'
  2        '-x, -y, -z'
  3        'x, -y, z'
  4        'x, y, z'
  5        '-x+.5, y+.5, -z'
  6        '-x+.5, -y+.5, -z'
  7        'x+.5, -y+.5, z'
  8        'x+.5, y+.5, z'
loop_
_atom_type_symbol
_atom_type_oxidation_number
Al3+        3
K1+        1
O2-        -2
Si4+        4
loop_
_atom_site_label
_atom_site_type_symbol
_atom_site_symmetry_multiplicity
_atom_site_Wyckoff_symbol
_atom_site_fract_x
_atom_site_fract_y
_atom_site_fract_z
_atom_site_occupancy
_atom_site_attached_hydrogens
K1 K1+ 4 i 0.2840(3) 0 0.1388(4) 1. 0
Si1 Si4+ 8 j 0.0095(2) 0.1842(1) 0.2247(2) 0.5 0
Al1 Al3+ 8 j 0.0095(2) 0.1842(1) 0.2247(2) 0.5 0
Si2 Si4+ 8 j 0.7085(2) 0.1176(1) 0.3446(2) 1. 0
O1 O2- 4 g 0 0.1451(1) 0 1. 0
O2 O2- 4 i 0.6365(2) 0 0.2853(2) 1. 0
O3 O2- 8 j 0.8256(1) 0.1459(1) 0.2279(2) 1. 0
O4 O2- 8 j 0.0353(1) 0.3118(1) 0.2599(2) 1. 0
O5 O2- 8 j 0.1818(1) 0.1252(1) 0.4080(1) 1. 0

loop_
_atom_site_aniso_label
_atom_site_aniso_type_symbol
_atom_site_aniso_B_11
_atom_site_aniso_B_22
_atom_site_aniso_B_33
_atom_site_aniso_B_12
_atom_site_aniso_B_13
_atom_site_aniso_B_23
K1 K1+ 1.5(1) 2.4(1) 2.0(1) 0 0.52(7) 0
Si1 Si4+ 1.38(5) 0.99(5) 0.94(5) -.23(4) 0.59(4) -.15(4)
Al1 Al3+ 1.38(5) 0.99(5) 0.94(5) -.23(4) 0.59(4) -.15(4)
Si2 Si4+ 1.38(5) 0.95(5) 1.10(5) 0.02(4) 0.55(4) 0.03(3)
O1 O2- 2.13(6) 1.54(5) 1.88(5) 0 0.95(4) 0
O2 O2- 1.94(6) 0.97(5) 1.53(5) 0 0.33(4) 0
O3 O2- 2.18(4) 2.45(4) 2.23(4) -.24(3) 1.47(3) 0.16(3)
O4 O2- 1.66(4) 1.40(4) 1.75(3) -.30(3) 0.64(3) -.36(3)
O5 O2- 1.91(4) 1.60(4) 1.00(4) 0.14(3) 0.23(3) 0.13(3)
#End of data_10270-ICSD
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xi2004-emuch@163.com
10楼2008-08-22 23:13:59
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