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daxu铁杆木虫 (正式写手)
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请高手帮忙看我用diamond画的晶胞哪儿出了问题？
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我自己直接把cif导入diamond，可画出来的和gujm516 网友画出来的就是不一样，不知道哪儿出了问题，请各位多多指教 附件1是我自己画的 附件2是gujm516 画的 |
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2楼2008-08-22 08:54:47
daxu
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我是说晶胞内容不一样,不是说键的形式和四面体什么的,光看钾就知道了,我画出来的钾原子只有上下底面有,而网友画出来的中间也有,所以自己也搞不清问题出在哪儿了 这是所需要的cif文件http://www.namipan.com/d/icsd353 ... 2ea6e1f5597990a0000 |
3楼2008-08-22 09:27:44
4楼2008-08-22 09:56:52
daxu
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5楼2008-08-22 10:04:05
6楼2008-08-22 16:41:02
daxu
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7楼2008-08-22 17:37:35
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ICDS35335已经明确告知该空间群是一个伴有a,b方向滑移的素晶胞。 读入CIF时程序根据晶胞参数已自动确定空间群，不知为什么你还要再去选。 我把原先从你第一贴里下载的CIF传上，你把它复制到记事本里再试试。 data_35335-ICSD #?2005 by Fachinformationszentrum Karlsruhe, and the U.S. Secretary of #Commerce on behalf of the United States. All rights reserved. _database_code_ICSD 35335 _audit_creation_date 1980/01/01 _audit_update_record 1998/06/29 _chemical_name_systematic 'Potassium Tecto-alumotrisilicate' _chemical_formula_structural 'K (Al Si3 O8)' _chemical_formula_sum 'Al1 K1 O8 Si3' _chemical_name_mineral Microcline _publ_section_title ; The crystal structure of maximum microcline ; loop_ _publ_author_name 'Brown, B.E.' _cell_length_a 8.573(4) _cell_length_b 12.983(7) _cell_length_c 7.220(3) _cell_angle_alpha 90.65(8) _cell_angle_beta 115.83(8) _cell_angle_gamma 87.70(8) _cell_volume 722.72 _cell_formula_units_Z 4 _symmetry_space_group_name_H-M 'C -1' _symmetry_Int_Tables_number 2 _refine_ls_R_factor_all .104 loop_ _symmetry_equiv_pos_site_id _symmetry_equiv_pos_as_xyz 1 '-x, -y, -z' 2 'x, y, z' 3 '-x+.5, -y+.5, -z' 4 'x+.5, y+.5, z' loop_ _atom_type_symbol _atom_type_oxidation_number Al3+ 3 K1+ 1 O2- -2 Si4+ 4 loop_ _atom_site_label _atom_site_type_symbol _atom_site_symmetry_multiplicity _atom_site_Wyckoff_symbol _atom_site_fract_x _atom_site_fract_y _atom_site_fract_z _atom_site_occupancy _atom_site_attached_hydrogens _atom_site_B_iso_or_equiv K1 K1+ 4 i 0.7173 0.0072 0.8635 1. 0 0 Si1 Si4+ 4 i 0.0104 0.1875 0.2169 0.05 0 0.693 Si2 Si4+ 4 i 0.9903 0.1802 0.7673 0.97 0 0.351 Si3 Si4+ 4 i 0.711 0.1202 0.3309 0.99 0 0.341 Si4 Si4+ 4 i 0.2941 0.1144 0.6493 0.99 0 0.313 Al1 Al3+ 4 i 0.0104 0.1875 0.2169 0.95 0 0.693 Al2 Al3+ 4 i 0.9903 0.1802 0.7673 0.03 0 0.351 Al3 Al3+ 4 i 0.711 0.1202 0.3309 0.01 0 0.341 Al4 Al3+ 4 i 0.2941 0.1144 0.6493 0.01 0 0.313 O1 O2- 4 i 0.0007 0.1448 0.9831 1. 0 0.759 O2 O2- 4 i 0.6366 0.0058 0.2853 1. 0 0.667 O3 O2- 4 i 0.8202 0.1476 0.2205 1. 0 1.03 O4 O2- 4 i 0.1684 0.143 0.7584 1. 0 1.02 O5 O2- 4 i 0.0352 0.3203 0.2514 1. 0 0.77 O6 O2- 4 i 0.9634 0.3047 0.7311 1. 0 0.736 O7 O2- 4 i 0.1911 0.1229 0.4053 1. 0 0.973 O8 O2- 4 i 0.8247 0.1258 0.5873 1. 0 0.933 #End of data_35335-ICSD |
8楼2008-08-22 18:34:01
daxu
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9楼2008-08-22 22:08:36
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这个ICSD导出的CIF明显有问题, 其所给的空间群是P-1, 但所给的对称操作和坐标都是C2/m的. 我在MAterial Studio中直接导入CIF是也是同样的得到dxu得到的. 不知道楼主为何要用35335的数据. 我用10270的数据得到的就是正确的. 其ICSD输出的CIF数据如下. data_10270-ICSD #?2008 by Fachinformationszentrum Karlsruhe, and the U.S. Secretary of #Commerce on behalf of the United States. All rights reserved. _database_code_ICSD 10270 _audit_creation_date 1980/01/01 _audit_update_record 2005/10/01 _chemical_name_systematic 'Potassium Tecto-alumotrisilicate' _chemical_formula_structural 'K (Al Si3 O8)' _chemical_formula_sum 'Al1 K1 O8 Si3' _chemical_name_mineral Orthoclase _publ_section_title ; Neutron diffraction refinement of an ordered orthoclase structure ; loop_ _citation_id _citation_journal_abbrev _citation_year _citation_journal_volume _citation_page_first _citation_page_last _citation_journal_id_ASTM primary 'American Mineralogist' 1973 58 500 507 AMMIAY 2 'Acta Crystallographica (1,1948-23,1967)' 1961 14 443 456 ACCRA9 _publ_author_name 'Prince, E.;Donnay, G.;Martin, R.F.' _cell_length_a 8.5632(11) _cell_length_b 12.963(14) _cell_length_c 7.2099(11) _cell_angle_alpha 90. _cell_angle_beta 116.073(9) _cell_angle_gamma 90. _cell_volume 718.89 _cell_formula_units_Z 4 _symmetry_space_group_name_H-M 'C 1 2/m 1' _symmetry_Int_Tables_number 12 _refine_ls_R_factor_all .031 loop_ _symmetry_equiv_pos_site_id _symmetry_equiv_pos_as_xyz 1 '-x, y, -z' 2 '-x, -y, -z' 3 'x, -y, z' 4 'x, y, z' 5 '-x+.5, y+.5, -z' 6 '-x+.5, -y+.5, -z' 7 'x+.5, -y+.5, z' 8 'x+.5, y+.5, z' loop_ _atom_type_symbol _atom_type_oxidation_number Al3+ 3 K1+ 1 O2- -2 Si4+ 4 loop_ _atom_site_label _atom_site_type_symbol _atom_site_symmetry_multiplicity _atom_site_Wyckoff_symbol _atom_site_fract_x _atom_site_fract_y _atom_site_fract_z _atom_site_occupancy _atom_site_attached_hydrogens K1 K1+ 4 i 0.2840(3) 0 0.1388(4) 1. 0 Si1 Si4+ 8 j 0.0095(2) 0.1842(1) 0.2247(2) 0.5 0 Al1 Al3+ 8 j 0.0095(2) 0.1842(1) 0.2247(2) 0.5 0 Si2 Si4+ 8 j 0.7085(2) 0.1176(1) 0.3446(2) 1. 0 O1 O2- 4 g 0 0.1451(1) 0 1. 0 O2 O2- 4 i 0.6365(2) 0 0.2853(2) 1. 0 O3 O2- 8 j 0.8256(1) 0.1459(1) 0.2279(2) 1. 0 O4 O2- 8 j 0.0353(1) 0.3118(1) 0.2599(2) 1. 0 O5 O2- 8 j 0.1818(1) 0.1252(1) 0.4080(1) 1. 0 loop_ _atom_site_aniso_label _atom_site_aniso_type_symbol _atom_site_aniso_B_11 _atom_site_aniso_B_22 _atom_site_aniso_B_33 _atom_site_aniso_B_12 _atom_site_aniso_B_13 _atom_site_aniso_B_23 K1 K1+ 1.5(1) 2.4(1) 2.0(1) 0 0.52(7) 0 Si1 Si4+ 1.38(5) 0.99(5) 0.94(5) -.23(4) 0.59(4) -.15(4) Al1 Al3+ 1.38(5) 0.99(5) 0.94(5) -.23(4) 0.59(4) -.15(4) Si2 Si4+ 1.38(5) 0.95(5) 1.10(5) 0.02(4) 0.55(4) 0.03(3) O1 O2- 2.13(6) 1.54(5) 1.88(5) 0 0.95(4) 0 O2 O2- 1.94(6) 0.97(5) 1.53(5) 0 0.33(4) 0 O3 O2- 2.18(4) 2.45(4) 2.23(4) -.24(3) 1.47(3) 0.16(3) O4 O2- 1.66(4) 1.40(4) 1.75(3) -.30(3) 0.64(3) -.36(3) O5 O2- 1.91(4) 1.60(4) 1.00(4) 0.14(3) 0.23(3) 0.13(3) #End of data_10270-ICSD |
10楼2008-08-22 23:13:59
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