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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 网络生活区 » 有奖问答 » 学术帮助 » Small RNA-seq原始数据怎么处理？
汕头大学海洋科学接受调剂
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sherry_zhang

新虫 (初入文坛)

[求助] Small RNA-seq原始数据怎么处理？

我现在有small RNA-Sequencing 的原始数据，fastq的数据格式的，我想得到miRNA 的ID名和表达信息，该怎么做啊！急求！
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1楼 2015-08-18 13:48:48
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陈爱中

新虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

我怎么是公司整理好各个小rna相对积累量的excel表格…

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5楼2015-11-05 07:43:56
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yingyangyang

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

基于小RNA-Seq数据的植物miRNA预测工具
miR-PREFeR: an accurate, fast, and easy-to-use plant miRNA prediction tool using small RNA-Seq data.

Abstract

Summary: Plant microRNA prediction tools that utilize small RNA sequencing data are emerging quickly. These existing tools have at least one of the following problems: 1. high false positive rate; 2. long running time; 3. work only for genomes in their databases; 4. hard to install or use. We develop miR-PREFeR (miRNA PREdiction From small RNA-Seq data), which utilizes expression patterns of miRNA and follows the criteria for plant microRNA annotation to accurately predict plant miRNAs from one or more small RNA-Seq data samples of the same species. We tested miR-PREFeR on several plant species. The results show that miR-PREFeR is sensitive, accurate, fast, and has low memory footprint.
Availability: https://github.com/hangelwen/miR-PREFeR

http://bioinformatics.oxfordjour ... ics.btu380.abstract
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2楼2015-08-18 15:15:24
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sherry_zhang

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by yingyangyang at 2015-08-18 15:15:24
基于小RNA-Seq数据的植物miRNA预测工具
miR-PREFeR: an accurate, fast, and easy-to-use plant miRNA prediction tool using small RNA-Seq data.

Abstract

Summary: Plant microRNA prediction tools that ...

我做的是人类的，我想问一下可以用tophat和cufflinks做吗
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3楼2015-08-21 09:13:58
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sherry_zhang

新虫 (初入文坛)
我用tophat进行比对，为什么都没有比对上，用的是ensemble上的人类参考序列

发自小木虫Android客户端
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4楼2015-11-04 16:59:51
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