| 查看: 1239 | 回复: 5 | ||
sherry_zhang新虫 (初入文坛)
|
[求助]
Small RNA-seq原始数据怎么处理？
|
| 我现在有small RNA-Sequencing 的原始数据，fastq的数据格式的，我想得到miRNA 的ID名和表达信息，该怎么做啊！急求！ |
回复此楼» 猜你喜欢
一志愿211 0703化学 346分求调剂
已经有26人回复
-
生物学调剂
已经有13人回复
-
293求调剂
已经有15人回复
-
335求调剂
已经有17人回复
-
人工智能320调剂08工类还有机会吗
已经有14人回复
-
271求调剂
已经有27人回复
-
考研求调剂
已经有7人回复
-
085408光电信息工程专硕355一志愿长春光机所调剂
已经有3人回复
-
071000生物学，一志愿深圳大学296分，求调剂
已经有15人回复
-
302求调剂
已经有7人回复
yingyangyang 
木虫 (正式写手)
- 博学EPI: 1
- 应助: 2 (幼儿园)
- 金币: 870.4
- 散金: 1137
- 红花: 2
- 帖子: 702
- 在线: 83.2小时
- 虫号: 1079313
- 注册: 2010-08-21
- 专业: 生物化学
【答案】应助回帖
|
基于小RNA-Seq数据的植物miRNA预测工具 miR-PREFeR: an accurate, fast, and easy-to-use plant miRNA prediction tool using small RNA-Seq data. Abstract Summary: Plant microRNA prediction tools that utilize small RNA sequencing data are emerging quickly. These existing tools have at least one of the following problems: 1. high false positive rate; 2. long running time; 3. work only for genomes in their databases; 4. hard to install or use. We develop miR-PREFeR (miRNA PREdiction From small RNA-Seq data), which utilizes expression patterns of miRNA and follows the criteria for plant microRNA annotation to accurately predict plant miRNAs from one or more small RNA-Seq data samples of the same species. We tested miR-PREFeR on several plant species. The results show that miR-PREFeR is sensitive, accurate, fast, and has low memory footprint. Availability: https://github.com/hangelwen/miR-PREFeR http://bioinformatics.oxfordjour ... ics.btu380.abstract |
2楼2015-08-18 15:15:24
sherry_zhang
新虫 (初入文坛)
- 应助: 0 (幼儿园)
- 金币: 167.4
- 帖子: 15
- 在线: 5.7小时
- 虫号: 3279618
- 注册: 2014-06-17
- 专业: 基因表达调控与表观遗传学
3楼2015-08-21 09:13:58
sherry_zhang
新虫 (初入文坛)
- 应助: 0 (幼儿园)
- 金币: 167.4
- 帖子: 15
- 在线: 5.7小时
- 虫号: 3279618
- 注册: 2014-06-17
- 专业: 基因表达调控与表观遗传学
4楼2015-11-04 16:59:51
5楼2015-11-05 07:43:56
sherry_zhang
新虫 (初入文坛)
- 应助: 0 (幼儿园)
- 金币: 167.4
- 帖子: 15
- 在线: 5.7小时
- 虫号: 3279618
- 注册: 2014-06-17
- 专业: 基因表达调控与表观遗传学
6楼2015-11-18 15:11:40
20