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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 生物信息 » 【求助求助】分子小白请教测序和序列有效性方面的问题~~
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发现微妙

新虫 (初入文坛)

[求助] 【求助求助】分子小白请教测序和序列有效性方面的问题~~ 已有3人参与

背景：本人专业生态学，半路被导师拉来做分子。课题主要内容是，通过获得一个未知物种的保守序列（CO1）来鉴定该物种。

问题：CO1基因在进化中相对保守，可以用来物种分类和鉴定。我用上下游引物分别得到一段序列（650bp），然后拼接成一段700bp左右的拼接序列。
           问题来了~~~测序结果经常会出现两条序列前几十个碱基双峰。
1、现在物种和两条引物已知，怎样获得该物种两端确定、碱基数确定的CO1基因序列？
2、上下游引物是在CO1基因外两侧进行结合么？如何判断CO1基因两端不在出现双峰的前几十个碱基里？
3、如果不在的话，这样的拼接序列可以用于学术论文发表么？
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1楼 2015-08-10 11:19:05
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happy6

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
西门吹雪170: 金币+2, 鼓励回帖交流 2015-08-17 23:23:38
我之前也是做这个的，COI基因序列是保守的，你用引物扩增出来的序列，测序结果可以直接用于后续的分析呀，为什么要拼接呢？如果你想要扩增的序列长一些，可以用近缘物种的序列设计引物，然后再扩增测序。
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3楼2015-08-11 09:46:08
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liu208xj

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★
西门吹雪170: 金币+1, 鼓励回帖交流 2015-08-17 23:23:51
1.700bp长的序列为什么要用到拼接？
2.分类鉴定只需要合适的长度，不需要全长，即使想需要全长，现在700bp的序列很容易PCR出来。
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4楼2015-08-17 13:37:42
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junfeng0202

金虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

可以再中间设计引物然后往两边测啊
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5楼2015-08-17 15:32:09
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