24小时热门版块排行榜    

查看: 1417  |  回复: 2

speio

金虫 (小有名气)


[交流] 【求助】我想问一下怎么计算分子间作用力,分子间氢键 DMF 氨基酸

本人做晶体的,想要计算晶体主要的生长面的问题。涉及到分子间氢键的计算。

我想要计算DMF与水形成氢键的情况和能量,还有DMF与天冬氨酸,以及天冬氨酸与

半胱氨酸之间的氢键作用的情况。请问使用什么程序?本人是小白,对于计算一窍不

通。希望有人可以帮忙,可以把自己所有的150分赠送。
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)

» 本主题相关价值贴推荐,对您同样有帮助:

» 抢金币啦!回帖就可以得到:

查看全部散金贴

已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

jiewei

专家顾问 (著名写手)


speio(金币+5): 非常感谢 2011-03-10 09:43:42
晶体生长?DMF和水作用的氢键? 把DMF加入冰块?
后面的几个氨基酸也是晶体?

其实,晶体生长我个人理解可以认为是一个吸附过程,你可以先建立一个元胞,然后放入晶体物质A和DMF,做分子动力学吸附。 可以用的软件有
MS的discovery模块, 其实只要是分子动力学就行。
如果算单独的结合能,建议还是用高斯进行全局优化吧,高斯09对氢键作用比较好用
2楼2011-03-09 17:53:14
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

fooo

金虫 (正式写手)


speio(金币+5): 本人新手也。茅塞顿开谢谢 2011-03-10 09:44:04
引用回帖:
Originally posted by speio at 2011-03-09 16:18:02:
本人做晶体的,想要计算晶体主要的生长面的问题。涉及到分子间氢键的计算。

我想要计算DMF与水形成氢键的情况和能量,还有DMF与天冬氨酸,以及天冬氨酸与

半胱氨酸之间的氢键作用的情况。请问使用什么程序? ...

给你篇文献吧,天津师大黄正国的论文,是关于研究半胱氨酸-DMF之间氢键作用的,不过跟晶体没什么关系。此外还有一些关于半胱氨酸与其它分子氢键作用的理论计算,感兴趣的话你可以自己去找。还有,江南大学王海军似乎也做过类似的研究。

Hydrogen bonding interactions between N,N-Dimethylformamide and cysteine: DFT studies of structures, properties and topologies
ZG HUANG, L YU, YM DAI, HK WANG, Struct. Chem. 2011, 22(1), 57.  
关于晶体中氢键的计算,似乎guassian不是最好的选择,如果有条件的话,可以找crystal09软件+xd2006软件,应该是研究晶体中氢键的好选择。
3楼2011-03-09 20:30:09
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 speio 的主题更新
普通表情 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 313求调剂 +3 水流年lc 2026-02-28 3/150 2026-03-01 16:01 by 新能源达人
[考研] 材料化工调剂 +9 今夏不夏 2026-03-01 10/500 2026-03-01 16:01 by hmn_wj
[考研] 295求调剂 +6 19171856320 2026-02-28 6/300 2026-03-01 15:52 by jxstnuZYX
[考研] 0856调剂 +4 刘梦微 2026-02-28 4/200 2026-03-01 15:35 by 吸一口猫气
[考研] 307求调剂 +5 wyyyqx 2026-03-01 5/250 2026-03-01 15:21 by Fff-1
[考研] 304求调剂 +6 曼殊2266 2026-02-28 7/350 2026-03-01 15:14 by wjLi2017
[考研] 材料工程274求调剂 +3 Lilithan 2026-03-01 3/150 2026-03-01 14:58 by ms629
[考研] 303求调剂 +4 今夏不夏 2026-03-01 4/200 2026-03-01 14:46 by 嘟嘟小浣熊
[考研] 298求调剂 +9 人间唯你是清欢 2026-02-28 12/600 2026-03-01 14:23 by Ducount.Y
[考研] 291分工科求调剂 +8 science饿饿 2026-03-01 9/450 2026-03-01 14:22 by Ducount.Y
[考研] 290求调剂 +8 材料专硕调剂; 2026-02-28 9/450 2026-03-01 12:46 by 闭眼看蓝天
[考研] 321求调剂一志愿东北林业大学材料与化工英二数二 +3 虫虫虫虫虫7 2026-03-01 6/300 2026-03-01 11:50 by gaoxiaoniuma
[硕博家园] 博士自荐 +6 科研狗111 2026-02-26 10/500 2026-03-01 10:02 by 科研狗111
[考研] 298求调剂 +5 axyz3 2026-02-28 5/250 2026-03-01 06:45 by 刘兵
[基金申请] 面上模板改不了页边距吧? +5 ieewxg 2026-02-25 6/300 2026-03-01 00:10 by addressing
[考研] 304求调剂 +3 52hz~~ 2026-02-28 5/250 2026-03-01 00:00 by 52hz~~
[考博] 26申博 +4 想申博! 2026-02-26 4/200 2026-02-28 21:37 by limorning
[考研] 085600材料工程一志愿中科大总分312求调剂 +8 吃宵夜1 2026-02-28 10/500 2026-02-28 20:27 by L135790
[考研] 0856材料求调剂 +10 hyf hyf hyf 2026-02-28 11/550 2026-02-28 18:50 by 无际的草原
[硕博家园] 【博士招生】太原理工大学2026化工博士 +4 N1ce_try 2026-02-24 8/400 2026-02-26 08:40 by N1ce_try
信息提示
请填处理意见