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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 量子化学 » NBO/AIM » 【求助】我想问一下怎么计算分子间作用力，分子间氢键 DMF 氨基酸
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speio

金虫 (小有名气)

[交流] 【求助】我想问一下怎么计算分子间作用力，分子间氢键 DMF 氨基酸

本人做晶体的，想要计算晶体主要的生长面的问题。涉及到分子间氢键的计算。

我想要计算DMF与水形成氢键的情况和能量，还有DMF与天冬氨酸，以及天冬氨酸与

半胱氨酸之间的氢键作用的情况。请问使用什么程序？本人是小白，对于计算一窍不

通。希望有人可以帮忙，可以把自己所有的150分赠送。
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1楼2011-03-09 16:18:02
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fooo

金虫 (正式写手)
speio(金币+5): 本人新手也。茅塞顿开谢谢 2011-03-10 09:44:04
引用回帖:
Originally posted by speio at 2011-03-09 16:18:02:
本人做晶体的，想要计算晶体主要的生长面的问题。涉及到分子间氢键的计算。

我想要计算DMF与水形成氢键的情况和能量，还有DMF与天冬氨酸，以及天冬氨酸与

半胱氨酸之间的氢键作用的情况。请问使用什么程序？ ...

给你篇文献吧，天津师大黄正国的论文，是关于研究半胱氨酸-DMF之间氢键作用的，不过跟晶体没什么关系。此外还有一些关于半胱氨酸与其它分子氢键作用的理论计算，感兴趣的话你可以自己去找。还有，江南大学王海军似乎也做过类似的研究。

Hydrogen bonding interactions between N,N-Dimethylformamide and cysteine: DFT studies of structures, properties and topologies
ZG HUANG, L YU, YM DAI, HK WANG, Struct. Chem. 2011, 22(1), 57.  
关于晶体中氢键的计算，似乎guassian不是最好的选择，如果有条件的话，可以找crystal09软件+xd2006软件，应该是研究晶体中氢键的好选择。
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3楼2011-03-09 20:30:09
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jiewei

专家顾问 (著名写手)
speio(金币+5): 非常感谢 2011-03-10 09:43:42
晶体生长？DMF和水作用的氢键？ 把DMF加入冰块？
后面的几个氨基酸也是晶体？

其实，晶体生长我个人理解可以认为是一个吸附过程，你可以先建立一个元胞，然后放入晶体物质A和DMF，做分子动力学吸附。 可以用的软件有
MS的discovery模块， 其实只要是分子动力学就行。
如果算单独的结合能，建议还是用高斯进行全局优化吧，高斯09对氢键作用比较好用
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2楼2011-03-09 17:53:14
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