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夏夜微风

木虫 (正式写手)

[求助] 融合PCR 已有2人参与

最近做了融合PCR,做了十多天。
三个片段①522bp,②1274bp,③587bp
引物①-F:cgcgatatcttatgtatgctcttctgacttttcg;①-R:gttatgcggccgctttgattgatttgactgtgttattttg
引物②-F:cgcaaaataacacagtcaaatcaatcaaagcggccgcataacttcgtataatgtatgctatacgaagttatcgttttaagagcttggtgagc;
       ②-R:tatacgaagttattgtgcggtatttcacaccgc
引物③-F:catatgcggtgtgaaataccgcacaataacttcgtataatgtatgctatacgaagttatccgcgggcgatttaatctctaattattag
       ③-R:cgcgatatctttcaatcattggagcaatcattttac
50ul反应体系:
5× Buffer(5mM Mg2+ plus)                    10ul
dNTP Mixture(2.5mM each)                     4.5ul
DNA polymerase(2.5unit/ul)                      0.5ul
模版1                                                            0.5ul
模版2                                                            0.5ul
模版3                                                             0.5ul
ddH2O                                                           33.5ul
PCR反应条件:
Volume:50ul
1. 98℃,10s
2. 98℃,10s
3. 51℃,3min
     +0.2℃ per cycle
     +12s per cycle
4. 72℃,2min30s
5. GOTO step2,10×
6. 72℃,10min
7. 4℃,∞
然后加引物①-F、③-R再PCR
PCR反应条件:
Volume:20ul
1. 94℃,30s
2. 94℃,30s
3. 53℃,1min
4. 72℃,3min
5. GOTO step2,27×
6. 72℃,10min
7. 12℃,∞
跑出来的条带在2300左右。但是胶回收在进行PCR验证时,却没有2300bp左右的条带了,这是为什么啊?
①-F×②-R;②-F×③-R;①-F×③-R三组引物进行PCR,但没有相应条带,这到底是为什么啊?
PCR反应条件:
Volume:20ul
1. 94℃,1min
2. 94℃,30s
3. 53℃,1min
4. 72℃,3min
5. GOTO step2,27×
6. 72℃,10min
7. 12℃,∞
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还未成熟,就已老去!
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liygmail

至尊木虫 (职业作家)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
片段2和片段3的引物不好,二级结构太多了
①-F×②-R以及②-F×③-R的融合PCR没有扩增出相应条带,多半原因在于引物
2楼2015-08-10 13:20:25
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chengjie0801

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

请问楼主的问题解决了吗? 我做的也是类似的项目。 我的融合反应使用的是普通PCR 设计,不是楼主梯度式扩增, 最后得到的是弥散的条带。 不知道是什么原因,请问楼主知道原因吗?
3楼2016-03-10 13:33:23
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夏夜微风

木虫 (正式写手)

引用回帖:
3楼: Originally posted by chengjie0801 at 2016-03-10 13:33:23
请问楼主的问题解决了吗? 我做的也是类似的项目。 我的融合反应使用的是普通PCR 设计,不是楼主梯度式扩增, 最后得到的是弥散的条带。 不知道是什么原因,请问楼主知道原因吗?

我做出来了,重新设计的引物,两头的的做融合,再进行酶切连接把中间的连上
还未成熟,就已老去!
4楼2016-03-10 18:28:34
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