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speedking

木虫 (正式写手)

[求助] 向NCBI提交序列出问题,请各位分子生物的大神帮忙看看!! 已有1人参与

小弟第一次提交核酸序列,菜鸟一个,上周向NCBI提交我做实验得到的序列,提交后NCBI发来邮件说我提交的序列有很多错误,请大神帮忙看看什么意思,需要怎么修改,下面是邮件的部分截图,其中第3和第4张图是我保存的sqn文件用sequin软件打开后出现的错误截图。我需要怎么修改,麻烦说的具体点,小弟在此先拜谢了!!

向NCBI提交序列出问题,请各位分子生物的大神帮忙看看!!
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向NCBI提交序列出问题,请各位分子生物的大神帮忙看看!!-1
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向NCBI提交序列出问题,请各位分子生物的大神帮忙看看!!-2
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向NCBI提交序列出问题,请各位分子生物的大神帮忙看看!!-3
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ls2046

铁杆木虫 (职业作家)

【答案】应助回帖

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感谢参与,应助指数 +1
speedking: 金币+100, 有帮助 2015-08-09 12:44:54
意思是,你提交的16S DNA有误,你提供 的CDS(coding sequence)序列里非正常的终止密码子。你要搞清楚的序列的特征,如果你的是16S DNA,就按照网站的提示选择这项,如果选择了其它项,就有可能出错。CDS是编码需要,是要翻译成蛋白质的,跟16S DNA是有区别的。仔细按照网站的提示慢慢搞,其实很容易的。人家的使用说明都很详细。
一品黄山
2楼2015-08-07 14:03:31
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speedking

木虫 (正式写手)

引用回帖:
2楼: Originally posted by ls2046 at 2015-08-07 14:03:31
意思是,你提交的16S DNA有误,你提供 的CDS(coding sequence)序列里非正常的终止密码子。你要搞清楚的序列的特征,如果你的是16S DNA,就按照网站的提示选择这项,如果选择了其它项,就有可能出错。CDS是编码需要 ...

需要将我的sqn文件用sequin软件打开,在那个上面一个一个的修改吗?
人生总会累的,现在不累,以后会更累!
3楼2015-08-07 14:15:27
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xuyuhuaxue

新虫 (初入文坛)

双击问题序列的CDS,在弹出框中点击location选项,如果是部分基因序列,把5'和3‘勾上,同时修改翻译的启示位置和翻译的正反链,修改完后点击codingregion 选项,点击translate product 看有无终止密码子,有的话返回location选项,继续修改,直至没有问题。再到Search选项中点击validate检查是否正确,直到正确为止。
4楼2016-03-10 10:47:59
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