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Catherine-ru金虫 (小有名气)
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常见生物信息分析要用到的基因数据库 已有13人参与
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以下是整理的microRNA靶标数据库和软件资源列表，希望对microRNA的研究者有所帮助。 （1）miRBase：众所周知的microRNA基因注释数据库。目前miRBase只提供了microRNA的靶标的预测软件的链接（如：PicTar）。网址：http://www.mirbase.org/ （2）starBase：一个高通量实验数据CLIP-Seq（或称为HITS-CLIP）和mRNA降解组测序数据支持的microRNA靶标数据库，整合和构建多个流行的靶标预测软件的交集和调控关系。 网址：http://starbase.sysu.edu.cn/ （3）Tarbase：一个收集已被实验验证的microRNA靶标数据库。网址：http://microrna.gr/tarbase/ （4）miRecords：一个整合的microRNA靶标数据库。整合多个靶标预测软件的调控关系。网址：http://mirecords.biolead.org/ （5）targetScan:基于靶mRNA序列的进化保守等特征搜寻动物的microRNA靶基因。是预测microRNA靶标假阳性率较低的软件。而且是microRNA领域大牛Bartel实验室开发的。网址：http://www.targetscan.org/ （6）PicTar：基于microRNA或microRNA靶标联合作用等特征开发的搜寻动物的microRNA靶基因。假阳性率也较低。是microRNA领域大牛Rajewsky实验室开发的。网址：http://pictar.mdc-berlin.de/ （7）PITA：基于靶位点的可接性（target-site accessibility）和自由能预测microRNA的靶标。是著名的生物信息学家Segal实验室开发的。网址：http://genie.weizmann.ac.il/pubs/mir07/mir07_data.html （8）RNA22：基于序列特征预测microRNA的结合位点。是几个流行的microRNA靶标预测软件的其中一个。IBM公司的研究团队开发的。网址：http://cbcsrv.watson.ibm.com/rna22.html （9）miRanda和microRNA.org：是著名的Memorial Sloan-Kettering 癌症研究中心的研究人员开发的软件和数据库。网址：http://www.microrna.org/microrna/home.do （10）MicroCosm：EMBL-EBI的Enright 实验室开发的microRNA靶标数据库。 网址：http://www.ebi.ac.uk/enright-srv/microcosm/htdocs/targets/v5/ （11）miRTarBase：整合实验证实的microRNA靶标的数据库。网址：http://mirtarbase.mbc.nctu.edu.tw/index.html （12）miRGator v2.0：整合microRNA表达、靶标和疾病相关信息的数据库。网址：http://mirgator.kobic.re.kr:8080/MEXWebApp/ （13）MiRNAMap:动物的microRNA基因及其靶标的数据库。网址：http://mirnamap.mbc.nctu.edu.tw/ （14）miRDB: 动物microRNA靶标预测和功能注释数据库。网址：http://mirdb.org/miRDB/ （15）RNAhybrid：一个基于miRNA-target配对自由能预测microRNA的靶标。网址：http://bibiserv.techfak.uni-bielefeld.de/rnahybrid/ （16）miRGen：microRNA基因和microRNA靶标数据库。网址：http://www.diana.pcbi.upenn.edu/miRGen.html 其中数据库中全面和更新快的有： miRBase：http://mirbase.org/index.shtml starBase: http://starbase.sysu.edu.cn/ miRecords: http://mirecords.biolead.org/ miRTarBase: http://mirtarbase.mbc.nctu.edu.tw/index.html 预测软件假阳性率低的有：targetScan：http://www.targetscan.org/ PicTar:http://pictar.mdc-berlin.de/ （17）最后奉上一个搜索基因、Pumbed、样本并且可以一键式分析的网站，不需要下载任何软件直接在网页上就可以进行数据分析的网站：www.gcbi.com.cn。并且这个网站是国内的，有中文页面，操作起来也方便的多。 Pumbed：https://www.gcbi.com.cn/gclib/html/index 基因：https://www.gcbi.com.cn/gclib/html/dictSearch/VFA1Mw基因相关信息显示更全，浏览起来也方便的多。 样本：https://www.gcbi.com.cn/gclib/html/pubmed/detail/25307862 样本搜索，包括GEO所有样本，直接发送到实验室进行分析，没有样本没有钱又想做科研的人捡到宝了。 |
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2楼2015-08-04 14:57:33
3楼2015-08-04 16:04:57
zhaodahe
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9楼2015-08-06 19:48:04
cjhaoren
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