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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 生物信息 » 运行PAMLX出现了问题，求教~~~
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三与七之间

铁虫 (小有名气)

[求助] 运行PAMLX出现了问题，求教~~~ 已有1人参与

如下图，我首先将PAML4.8放在了PAMLX文件夹下，然后找了PAML4.8文件夹下的example里的一个例子，将例子中的序列对比文件（*.phy)，树文件(*.tree)以及codeml.ctl一起放在了bin文件夹里(此文件夹中原本就有condeml.exe)，之后从PAMLX-tool-configuration里设置了路径，input序列对比文件以及树文件,最后在pamlx文件夹下建立了一个outfile 文件夹，然后点run开始运行，但是总是运行一段就再也不往下运行了（运行到最后一张图的状态就不再动了），这是为什么呢？？求大侠们帮帮小妹啦~~~
运行PAMLX出现了问题，求教~~~
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运行PAMLX出现了问题，求教~~~-1
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运行PAMLX出现了问题，求教~~~-5
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1楼 2015-07-18 10:49:48
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回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

wizardfan

至尊木虫 (著名写手)

优秀版主
引用回帖:
7楼: Originally posted by 三与七之间 at 2015-07-24 21:12:03
谢谢你，那大侠还记不记得参数设置啊？比如我要做鸟类的某个基因的正选择位点分析，大概选出了14个物种，其中的参数要怎么设比较好呀~~~~大侠帮帮我~~...

看说明文档啊，就记得选了几个不同的模型同时做的。
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8楼2015-07-25 07:09:39
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普通回帖

三与七之间

铁虫 (小有名气)
刚刚发现它又往下动了动，但是真的是过了好久之后才运行了一点，，，，，好慢，是不是我设置的有问题啊
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2楼2015-07-18 10:56:35
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nanshanjin

新虫 (初入文坛)
不懂帮顶
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3楼2015-07-19 15:13:46
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wizardfan

至尊木虫 (著名写手)

优秀版主

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
myprayer: 金币+1, 赠人玫瑰，手有余香，分子生物期待您更多精彩。 2015-07-25 20:02:06
三与七之间: 金币+10, ★★★很有帮助 2015-07-26 15:59:27
只要还在运行，就没有关系。
codeml的运行时间和你多序列比对的序列长度和数目有关系，我有运行过2个多星期的。
这个图形界面没什么用，还是直接在命令行下面直接运行比较好，如果有cluster的话，速度还可以更快
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4楼2015-07-20 01:04:07
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三与七之间

铁虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by wizardfan at 2015-07-20 01:04:07
只要还在运行，就没有关系。
codeml的运行时间和你多序列比对的序列长度和数目有关系，我有运行过2个多星期的。
这个图形界面没什么用，还是直接在命令行下面直接运行比较好，如果有cluster的话，速度还可以更快

恩恩，我明白了，谢谢，不过我还有个问题想请教。我运行的时候总有# seqs in tree file does not match.  Read as the nexus format.这种提示，但是能够运行出结果，这是什么原因啊？是树有问题吗？
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5楼2015-07-23 15:30:01
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wizardfan

至尊木虫 (著名写手)

优秀版主
引用回帖:
5楼: Originally posted by 三与七之间 at 2015-07-23 15:30:01
恩恩，我明白了，谢谢，不过我还有个问题想请教。我运行的时候总有# seqs in tree file does not match.  Read as the nexus format.这种提示，但是能够运行出结果，这是什么原因啊？是树有问题吗？...

好久不弄这个，也记不清楚了，只记得我的文件格式就是nexus，因为我是用PAUP 分析的。你可以看下例子http://paup.csit.fsu.edu/nfiles.html，格式说明http://hydrodictyon.eeb.uconn.ed ... etics:_NEXUS_Format， NEXUS里的序列按3个碱基一组排列，比如 AGC GCC GCT ATT
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6楼2015-07-24 08:55:59
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三与七之间

铁虫 (小有名气)
引用回帖:
6楼: Originally posted by wizardfan at 2015-07-24 08:55:59
好久不弄这个，也记不清楚了，只记得我的文件格式就是nexus，因为我是用PAUP 分析的。你可以看下例子http://paup.csit.fsu.edu/nfiles.html，格式说明http://hydrodictyon.eeb.uconn.edu/eebedia/index.php/Phylog ...

谢谢你，那大侠还记不记得参数设置啊？比如我要做鸟类的某个基因的正选择位点分析，大概选出了14个物种，其中的参数要怎么设比较好呀~~~~大侠帮帮我~~
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7楼2015-07-24 21:12:03
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三与七之间

铁虫 (小有名气)
引用回帖:
8楼: Originally posted by wizardfan at 2015-07-25 07:09:39
看说明文档啊，就记得选了几个不同的模型同时做的。...

恩恩，我现在已经研究出些眉目了，只是还是有不明白的地方，就是ncatG这个参数，我查资料是这么说的：变化的 ncatG被用来指定在一些特定的模型下的w分布的类型的数目。如果使用NSsites执行多个模型，ncatG的参数也需要重新设置。

啥叫w分布的类型的数目？？
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9楼2015-07-25 16:01:11
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wizardfan

至尊木虫 (著名写手)

优秀版主

【答案】应助回帖

进化可以简单分成3种，有益，有害，和中性。有的理论是大部分都是中性的，少部分是有益，有害的。印象中这个w分布就是描述这个有益/中性比例的
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10楼2015-07-27 20:57:49
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