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三与七之间

铁虫 (小有名气)

[求助] 运行PAMLX出现了问题,求教~~~ 已有1人参与

如下图,我首先将PAML4.8放在了PAMLX文件夹下,然后找了PAML4.8文件夹下的example里的一个例子,将例子中的序列对比文件(*.phy),树文件(*.tree)以及codeml.ctl一起放在了bin文件夹里(此文件夹中原本就有condeml.exe),之后从PAMLX-tool-configuration里设置了路径,input序列对比文件以及树文件,最后在pamlx文件夹下建立了一个outfile 文件夹,然后点run开始运行,但是总是运行一段就再也不往下运行了(运行到最后一张图的状态就不再动了),这是为什么呢??求大侠们帮帮小妹啦~~~
运行PAMLX出现了问题,求教~~~
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三与七之间

铁虫 (小有名气)

引用回帖:
6楼: Originally posted by wizardfan at 2015-07-24 08:55:59
好久不弄这个,也记不清楚了,只记得我的文件格式就是nexus,因为我是用PAUP 分析的。你可以看下例子http://paup.csit.fsu.edu/nfiles.html,格式说明http://hydrodictyon.eeb.uconn.edu/eebedia/index.php/Phylog ...

谢谢你,那大侠还记不记得参数设置啊?比如我要做鸟类的某个基因的正选择位点分析,大概选出了14个物种,其中的参数要怎么设比较好呀~~~~大侠帮帮我~~
7楼2015-07-24 21:12:03
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三与七之间

铁虫 (小有名气)

刚刚发现它又往下动了动,但是真的是过了好久之后才运行了一点,,,,,好慢,是不是我设置的有问题啊
2楼2015-07-18 10:56:35
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wizardfan

至尊木虫 (著名写手)

优秀版主

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
myprayer: 金币+1, 赠人玫瑰,手有余香,分子生物期待您更多精彩。 2015-07-25 20:02:06
三与七之间: 金币+10, ★★★很有帮助 2015-07-26 15:59:27
只要还在运行,就没有关系。
codeml的运行时间和你多序列比对的序列长度和数目有关系,我有运行过2个多星期的。
这个图形界面没什么用,还是直接在命令行下面直接运行比较好,如果有cluster的话,速度还可以更快
4楼2015-07-20 01:04:07
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三与七之间

铁虫 (小有名气)

引用回帖:
4楼: Originally posted by wizardfan at 2015-07-20 01:04:07
只要还在运行,就没有关系。
codeml的运行时间和你多序列比对的序列长度和数目有关系,我有运行过2个多星期的。
这个图形界面没什么用,还是直接在命令行下面直接运行比较好,如果有cluster的话,速度还可以更快

恩恩,我明白了,谢谢,不过我还有个问题想请教。我运行的时候总有# seqs in tree file does not match.  Read as the nexus format.这种提示,但是能够运行出结果,这是什么原因啊?是树有问题吗?
5楼2015-07-23 15:30:01
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