应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 生物信息 » 运行PAMLX出现了问题，求教~~~
51/1返回列表
查看: 2658  |  回复: 12
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看
当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖

三与七之间

铁虫 (小有名气)

[求助] 运行PAMLX出现了问题，求教~~~ 已有1人参与

如下图，我首先将PAML4.8放在了PAMLX文件夹下，然后找了PAML4.8文件夹下的example里的一个例子，将例子中的序列对比文件（*.phy)，树文件(*.tree)以及codeml.ctl一起放在了bin文件夹里(此文件夹中原本就有condeml.exe)，之后从PAMLX-tool-configuration里设置了路径，input序列对比文件以及树文件,最后在pamlx文件夹下建立了一个outfile 文件夹，然后点run开始运行，但是总是运行一段就再也不往下运行了（运行到最后一张图的状态就不再动了），这是为什么呢？？求大侠们帮帮小妹啦~~~
运行PAMLX出现了问题，求教~~~
a.png


运行PAMLX出现了问题，求教~~~-1
b.png


运行PAMLX出现了问题，求教~~~-2
1.png


运行PAMLX出现了问题，求教~~~-3
2.jpg


运行PAMLX出现了问题，求教~~~-4
4.jpg


运行PAMLX出现了问题，求教~~~-5
3.png
回复此楼

» 猜你喜欢
1楼 2015-07-18 10:49:48
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

wizardfan

至尊木虫 (著名写手)

优秀版主

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
myprayer: 金币+1, 赠人玫瑰，手有余香，分子生物期待您更多精彩。 2015-07-25 20:02:06
三与七之间: 金币+10, ★★★很有帮助 2015-07-26 15:59:27
只要还在运行，就没有关系。
codeml的运行时间和你多序列比对的序列长度和数目有关系，我有运行过2个多星期的。
这个图形界面没什么用，还是直接在命令行下面直接运行比较好，如果有cluster的话，速度还可以更快
赞一下 回复此楼
4楼2015-07-20 01:04:07
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 13 个回答

三与七之间

铁虫 (小有名气)
刚刚发现它又往下动了动，但是真的是过了好久之后才运行了一点，，，，，好慢，是不是我设置的有问题啊
赞一下 回复此楼
2楼2015-07-18 10:56:35
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

三与七之间

铁虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by wizardfan at 2015-07-20 01:04:07
只要还在运行，就没有关系。
codeml的运行时间和你多序列比对的序列长度和数目有关系，我有运行过2个多星期的。
这个图形界面没什么用，还是直接在命令行下面直接运行比较好，如果有cluster的话，速度还可以更快

恩恩，我明白了，谢谢，不过我还有个问题想请教。我运行的时候总有# seqs in tree file does not match.  Read as the nexus format.这种提示，但是能够运行出结果，这是什么原因啊？是树有问题吗？
赞一下 回复此楼
5楼2015-07-23 15:30:01
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

wizardfan

至尊木虫 (著名写手)

优秀版主
引用回帖:
5楼: Originally posted by 三与七之间 at 2015-07-23 15:30:01
恩恩，我明白了，谢谢，不过我还有个问题想请教。我运行的时候总有# seqs in tree file does not match.  Read as the nexus format.这种提示，但是能够运行出结果，这是什么原因啊？是树有问题吗？...

好久不弄这个，也记不清楚了，只记得我的文件格式就是nexus，因为我是用PAUP 分析的。你可以看下例子http://paup.csit.fsu.edu/nfiles.html，格式说明http://hydrodictyon.eeb.uconn.ed ... etics:_NEXUS_Format， NEXUS里的序列按3个碱基一组排列，比如 AGC GCC GCT ATT
赞一下 回复此楼
6楼2015-07-24 08:55:59
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 13 个回答
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[基金申请] FileCode能看出啥？ +8 要乐观耀哥 2026-08-10 23/1150 2026-08-13 00:35 by 要乐观耀哥
[基金申请] 长年满屏的广告，版主太不责任了。基金也等的急 +4 gltch 2026-08-12 4/200 2026-08-12 16:08 by eulota
[基金申请] filecode +13 documentary 2026-08-10 15/750 2026-08-12 15:56 by 云上清扬
[基金申请] 综述论文作为代表作会不会影响评审专家的印象分？ +11 yufeiwaner 2026-08-09 13/650 2026-08-12 08:17 by yufeiwaner
[基金申请] 小木虫上这么多卖论文的，真有人买论文么？感觉没必要啊 +8 Tide man 2026-08-10 9/450 2026-08-11 20:39 by beefly
[基金申请] 有时候，自然基金真的不能太认真 （我的申报经验） +3 majunge000 2026-08-11 4/200 2026-08-11 20:13 by lch2012
[基金申请] 什么时候出结果，有咨询渠道？？？ +3 Tide man 2026-08-11 3/150 2026-08-11 17:54 by kudofaye
[基金申请] 听说今天filecode变了 +26 布布和一二 2026-08-06 49/2450 2026-08-11 13:18 by WH3796
[基金申请] 我的国基提前知道中了，可是同事的操作让我实在接受不了，怎么会有这样的人 +8 家与远方 2026-08-10 13/650 2026-08-11 09:49 by 家与远方
[基金申请] 基金中了 +15 laoda193707 2026-08-06 15/750 2026-08-11 00:11 by jiafei2190
[基金申请] 据悉今年马上要出结果了 +7 瞬息宇宙 2026-08-10 8/400 2026-08-10 12:42 by Vivilian
[基金申请] filecode与中标关系的预测 +5 布布和一二 2026-08-07 5/250 2026-08-09 16:15 by 袁向阳007
[基金申请] 关于豆爷回答的JTJC与%2F数量 +5 yang182083 2026-08-06 7/350 2026-08-08 18:29 by zhanghaozhu
[基金申请] 国基金的申报应该改成非等额制，评价高的钱多评价低的钱少，但是增加资助率 +7 a089 2026-08-07 7/350 2026-08-08 18:05 by gltch
[基金申请] 关于filecode +4 布布和一二 2026-08-07 7/350 2026-08-07 22:55 by zhanghaozhu
[基金申请] 化学口download_prp&fileCode的固定段好像这几天一直没变，有变的大神么？ +3 Tide man 2026-08-07 4/200 2026-08-07 22:39 by Tide man
[基金申请] 固定端突然变了，今天 +6 archvillain 2026-08-06 10/500 2026-08-07 16:03 by 医学老男孩
[基金申请] filecode变化情况 +6 布布和一二 2026-08-07 22/1100 2026-08-07 14:45 by 且听虎啸
[基金申请] filecode +14 等待解的谜 2026-08-06 19/950 2026-08-07 12:20 by wlwhappy
[基金申请] filecode +8 布布和一二 2026-08-06 11/550 2026-08-06 20:41 by tangpu318
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭