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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 生物信息 » 运行PAMLX出现了问题，求教~~~
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三与七之间

铁虫 (小有名气)

[求助] 运行PAMLX出现了问题，求教~~~ 已有1人参与

如下图，我首先将PAML4.8放在了PAMLX文件夹下，然后找了PAML4.8文件夹下的example里的一个例子，将例子中的序列对比文件（*.phy)，树文件(*.tree)以及codeml.ctl一起放在了bin文件夹里(此文件夹中原本就有condeml.exe)，之后从PAMLX-tool-configuration里设置了路径，input序列对比文件以及树文件,最后在pamlx文件夹下建立了一个outfile 文件夹，然后点run开始运行，但是总是运行一段就再也不往下运行了（运行到最后一张图的状态就不再动了），这是为什么呢？？求大侠们帮帮小妹啦~~~
运行PAMLX出现了问题，求教~~~
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1楼 2015-07-18 10:49:48
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wizardfan

至尊木虫 (著名写手)

优秀版主

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
myprayer: 金币+1, 赠人玫瑰，手有余香，分子生物期待您更多精彩。 2015-07-25 20:02:06
三与七之间: 金币+10, ★★★很有帮助 2015-07-26 15:59:27
只要还在运行，就没有关系。
codeml的运行时间和你多序列比对的序列长度和数目有关系，我有运行过2个多星期的。
这个图形界面没什么用，还是直接在命令行下面直接运行比较好，如果有cluster的话，速度还可以更快
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4楼2015-07-20 01:04:07
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三与七之间

铁虫 (小有名气)
刚刚发现它又往下动了动，但是真的是过了好久之后才运行了一点，，，，，好慢，是不是我设置的有问题啊
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2楼2015-07-18 10:56:35
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三与七之间

铁虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by wizardfan at 2015-07-20 01:04:07
只要还在运行，就没有关系。
codeml的运行时间和你多序列比对的序列长度和数目有关系，我有运行过2个多星期的。
这个图形界面没什么用，还是直接在命令行下面直接运行比较好，如果有cluster的话，速度还可以更快

恩恩，我明白了，谢谢，不过我还有个问题想请教。我运行的时候总有# seqs in tree file does not match.  Read as the nexus format.这种提示，但是能够运行出结果，这是什么原因啊？是树有问题吗？
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5楼2015-07-23 15:30:01
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wizardfan

至尊木虫 (著名写手)

优秀版主
引用回帖:
5楼: Originally posted by 三与七之间 at 2015-07-23 15:30:01
恩恩，我明白了，谢谢，不过我还有个问题想请教。我运行的时候总有# seqs in tree file does not match.  Read as the nexus format.这种提示，但是能够运行出结果，这是什么原因啊？是树有问题吗？...

好久不弄这个，也记不清楚了，只记得我的文件格式就是nexus，因为我是用PAUP 分析的。你可以看下例子http://paup.csit.fsu.edu/nfiles.html，格式说明http://hydrodictyon.eeb.uconn.ed ... etics:_NEXUS_Format， NEXUS里的序列按3个碱基一组排列，比如 AGC GCC GCT ATT
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6楼2015-07-24 08:55:59
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